购买房屋后发现部分系违章建筑，并不必然导致买卖合同整体无效，需根据具体情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、合同整体无效的常见情形
根据《民法典》的相关规定，合同无效的情形主要包括：
无民事行为能力人实施的民事法律行为无效：如果买卖合同的签订方是无民事行为能力人，如未成年人或精神病人，且未经其法定代理人同意或追认，那么该合同无效。但这种情况在房屋买卖中较为少见。
行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效：如果买卖双方在签订合同时，存在故意隐瞒房屋真实情况（如违章建筑部分）以骗取对方签订合同的行为，且该隐瞒行为对合同签订有重大影响，那么合同可能因虚假意思表示而无效。但这种情况需要充分的证据支持，且实践中认定难度较大。
违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效：如果房屋买卖合同的内容或履行方式违反了法律、行政法规的强制性规定，如未经规划许可擅自建设的违章建筑部分，那么该部分合同内容可能无效。但这并不意味着整个买卖合同都无效，除非违章建筑部分是房屋的主要或核心部分，且无法与合法部分分离。
违背公序良俗的民事法律行为无效：如果房屋买卖合同的内容或目的违背了公序良俗，如通过买卖违章建筑进行非法牟利等，那么合同可能无效。但这种情况同样需要充分的证据支持，且实践中认定较为严格。
二、违章建筑部分对合同效力的影响
违章建筑部分可分离的情况：如果房屋中的违章建筑部分可以与合法部分分离，且不影响合法部分的使用和价值，那么通常不会导致整个买卖合同无效。在这种情况下，买方可以要求卖方承担违约责任，如赔偿损失、降低房价等，或者要求解除合同并返还购房款（如果违章建筑部分对买方购买决策有重大影响）。
违章建筑部分不可分离的情况：如果房屋中的违章建筑部分与合法部分紧密相连，无法分离，或者分离后会影响合法部分的使用和价值，那么情况就更为复杂。在这种情况下，如果违章建筑部分是房屋的主要或核心部分，且无法通过合法手段进行整改或拆除，那么整个买卖合同可能因无法履行而无效。但这并不意味着所有情况下合同都无效，还需要考虑买方在购买时是否知情、卖方是否存在欺诈行为等因素。
三、法律建议
收集证据：如果你发现购买的房屋中有违章建筑部分，首先应收集相关证据，如购房合同、房屋现状照片、规划许可文件等，以证明违章建筑部分的存在及其对房屋价值和使用的影响。
咨询专业律师：在收集证据后，建议你咨询专业律师（即我，唐美珍律师，专注于离婚、经济纠纷领域，也擅长处理房产问题），对合同效力、违约责任等问题进行评估和分析。律师可以根据你的具体情况和当地法律法规，为你提供更具体的法律建议。
协商或诉讼：根据律师的建议，你可以与卖方进行协商，要求其承担违约责任或解除合同并返还购房款。如果协商无果，你可以考虑通过诉讼途径解决纠纷。在诉讼过程中，你需要提供充分的证据支持你的主张，并遵循法院的判决和裁定。
最后需要强调的是，房屋买卖合同纠纷的处理需要综合考虑多种因素，包括合同内容、房屋现状、当地法律法规等。因此，在处理此类纠纷时，建议你保持冷静和理性，积极收集证据并咨询专业律师的意见。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。