结论：跟总公司签订土方施工协议后，是否可以起诉分公司，需根据具体情况判断，一般而言，若分公司具有独立诉讼主体资格或存在相关法律规定情形，是可以起诉分公司的。以下从不同角度详细分析：
一、分公司诉讼主体资格角度
- 分公司具有独立诉讼主体资格时
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，依法设立并领取营业执照的分公司，虽然不具有法人资格，但有一定的组织机构和财产，能够以自己的名义从事民事活动，也具有相对独立的诉讼主体资格。在这种情况下，如果与总公司签订了土方施工协议，但实际履行过程中，分公司以自己的名义参与了相关活动，比如接收货物、支付部分款项等，且与纠纷有直接关联，那么是可以将分公司作为被告起诉的。例如，在某土方施工项目中，总公司签订合同后，由分公司具体负责现场施工管理，包括接收土方、安排运输等，若因土方质量或运输问题产生纠纷，此时分公司作为实际参与方，具有被起诉的资格。
- 分公司不具有独立诉讼主体资格时
- 若分公司没有领取营业执照，或者虽然领取了营业执照但不具备相对独立的财产和责任能力，那么它就不具备独立的诉讼主体资格。在这种情况下，一般不能直接起诉分公司，而应起诉总公司。因为分公司只是总公司的分支机构，其民事责任最终由总公司承担。比如，一些小型企业的分公司，只是总公司为了方便业务开展而设立的一个办公地点，没有独立的财产和账户，所有业务和财务都由总公司统一管理，此时若发生纠纷，就只能起诉总公司。
二、合同履行及责任承担角度
- 分公司实际参与合同履行且应承担责任时
- 即使分公司具有独立诉讼主体资格，但如果根据合同约定和实际履行情况，分公司并没有参与合同的具体履行，或者虽然参与但不应承担责任，那么起诉分公司可能不会得到法院的支持。例如，在土方施工协议中，明确约定由总公司负责土方的采购和运输，分公司只负责现场的协调和监督，若因土方采购质量问题产生纠纷，此时分公司并没有直接的责任，起诉分公司就不太合适。
- 分公司与总公司共同承担责任时
- 在某些情况下，分公司和总公司可能会共同承担合同责任。比如，在土方施工项目中，总公司负责签订合同和整体协调，分公司负责具体的施工操作，若因施工操作不当导致工程质量问题，此时总公司和分公司可能都需要承担责任。在这种情况下，可以将总公司和分公司作为共同被告起诉。
三、法律特殊规定角度
- 在一些特定的法律领域或情况下，可能会有特殊的规定允许起诉分公司。例如，在消费者权益保护领域，如果分公司的行为侵害了消费者的合法权益，消费者可以直接起诉分公司，即使分公司不具有完全独立的诉讼主体资格。不过，在建设工程合同纠纷领域，这种情况相对较少，但也不能完全排除。
建议：在决定是否起诉分公司之前，建议先收集相关证据，如合同、履行过程中的往来函件、付款凭证等，以明确分公司在合同履行中的角色和责任。同时，可以咨询专业律师，对具体情况进行详细分析，以确定最合适的诉讼策略。如果你有相关法律问题，可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况，为你提供专业的法律建议。