分公司注销后，其违法行为的处罚主体需根据具体情况来确定，但通常不会因分公司注销而免除相关责任人的法律责任。以下从不同角度进行详细分析：

1. 民事责任角度：

   • 若分公司在注销前已依法进行清算，并清偿了所有已知债务，但注销后发现存在违法行为且产生了民事责任，该责任通常由分公司的上级公司（即总公司）或相关股东以其在分公司剩余财产分配中所取得的财产为限承担清偿责任。这是因为分公司不具有独立的法人资格，其民事责任最终由总公司承担。
   • 若分公司在清算时未依法履行通知和公告义务，导致债权人未能及时申报债权，那么清算义务人（如总公司的相关管理人员或分公司的负责人等）需对债权人承担赔偿责任。

2. 行政责任角度：

   • 分公司注销不影响行政机关对其存续期间的违法行为进行调查和处罚。行政机关可依法对分公司及相关责任人（如分公司负责人、直接负责的主管人员等）作出行政处罚决定，如罚款、吊销许可证等。
   • 即使分公司已注销，行政机关仍可追究相关责任人员的行政责任，因为行政责任是针对个人或组织的违法行为所设定的，不因组织形式的变更而消失。

3. 刑事责任角度：

   • 若分公司的违法行为构成犯罪，即使分公司已注销，司法机关仍会追究相关责任人的刑事责任。在单位犯罪的情况下，除对单位（若其仍存在）判处罚金外，还会对直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。
   • 司法机关会通过调取工商登记档案、财务账目等方式，尽可能还原案件事实，以追究犯罪嫌疑人的刑事责任。

综合建议：

• 对于分公司而言，在注销前应确保已依法完成清算工作，并履行了所有通知和公告义务，以避免后续可能产生的民事纠纷和法律风险。
• 总公司应加强对分公司的管理和监督，确保分公司遵守法律法规，避免违法行为的发生。
• 一旦发现分公司存在违法行为，应立即采取措施整改，并主动向相关部门报告，以减轻可能的法律责任。

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