分公司注销时，若存在行政处罚，总公司是否会被处罚需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
分公司独立违法且总公司无过错
- 若分公司的违法行为是基于其自身独立行为，且总公司未参与、无过错，例如分公司未经总公司授权擅自进行违法活动，那么总公司通常无需承担责任。这是因为分公司虽然不具备法人资格，但其作为总公司的分支机构，在法律上具有一定的独立性，其独立行为导致的法律后果应由其自身承担（在民事责任上由总公司兜底，但行政处罚层面需区分过错）。然而，在行政处罚的语境下，若能明确证明总公司无过错且未参与违法行为，则总公司不会被牵连处罚。
分公司行为与总公司存在关联
- 若分公司的行为与总公司存在关联，比如以总公司名义进行违法活动，或者总公司对分公司的管理不善导致分公司违法，那么总公司可能需要承担相应的责任。例如，总公司对分公司的财务、经营决策过度干预，或者对分公司的人员疏于监管，导致分公司出现违法行为。在这种情况下，总公司可能面临罚款、吊销执照等行政处罚。
- 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》第十四条的规定，分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。虽然这一条款主要规定的是民事责任，但在行政处罚领域，若分公司的违法行为与总公司存在关联，行政机关也可能会考虑将总公司纳入处罚范围，以体现对违法行为的全面监管和惩处。
总公司应如何应对
- 当分公司注销时面临行政处罚，总公司应积极配合调查，提供相关证据证明自身已尽合理管理义务。若能证明无过错，可减轻或免除责任；若确有责任，应及时整改，按规定接受处罚，以降低不利影响，避免后续可能引发的更严重法律后果。
- 具体建议：总公司可以准备分公司的独立经营记录、总公司对分公司的管理规定和执行情况、以及任何能证明总公司无过错的证据等，以支持其免责主张。
总结与建议：分公司注销时若存在行政处罚，总公司是否会被处罚取决于分公司的违法行为是否与总公司存在关联以及总公司是否尽到了合理的管理义务。建议总公司在日常经营中加强对分公司的管理和监督，确保分公司的经营活动合法合规，以降低潜在的法律风险。若面临此类问题，可直接向我咨询，我将提供具体的法律建议和指导。