结论：公司注资1000万，第一天转入900万第二天又转出900万的经营方式是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：
资金转出的合法性：
- 正常经营需要：如果公司转出900万是基于正常的经营需要，比如支付供应商款项、偿还债务、进行投资等，并且有相应的合同、发票等证明文件，那么这种转出是合法的。
- 抽逃出资：如果公司转出900万并非基于正常经营需要，而是为了将资金抽回，损害公司、其他股东或债权人的利益，那么这种行为可能构成抽逃出资。根据《公司法》及相关司法解释，抽逃出资是违法的，可能会面临法律责任，包括但不限于罚款、赔偿损失等。
资金转入的合法性：
- 实缴出资：如果公司转入的900万是股东按照公司章程或出资协议实缴的出资，且已经完成了相应的验资程序，那么这种转入是合法的。
- 虚假出资或增资：如果公司转入的900万并非股东实缴的出资，而是通过虚假手段（如伪造银行流水、虚构交易等）增加的注册资本，那么这种行为可能构成虚假出资或增资。虚假出资或增资同样是违法的，可能会面临法律责任。
整体经营方式的合法性：
- 合规经营：如果公司的整体经营方式符合法律法规的规定，包括资金转入转出的程序、用途等，那么这种经营方式是合法的。
- 违法经营：如果公司的整体经营方式存在违法违规行为，比如通过资金转入转出进行洗钱、逃税等，那么这种经营方式是违法的，可能会面临严重的法律后果。
法律建议：
- 完善内部管理：公司应建立健全的财务管理制度，确保资金转入转出的合法性和合规性。对于大额资金的转入转出，应进行严格的审批和记录，保留相关证明文件。
- 遵守法律法规：公司应严格遵守《公司法》、《税法》等相关法律法规的规定，不得进行虚假出资、抽逃出资等违法违规行为。
- 咨询专业律师：如果公司对资金转入转出的合法性存在疑问，或者面临相关法律纠纷，应及时咨询专业律师，以便得到专业的法律意见和帮助。
可能后果：
- 如果公司的资金转入转出行为被认定为违法违规，可能会面临罚款、赔偿损失等法律责任。
- 公司的声誉和信誉可能会受到损害，影响公司的正常经营和发展。
- 公司的股东、董事、监事等高级管理人员可能会因公司的违法违规行为而承担个人责任。
因此，公司在进行资金转入转出时，应谨慎操作，确保合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。