结论：在召开股东会时，若部分股东不参会，会议仍可根据《公司法》及公司章程的规定合法进行，关键在于确保会议的召集、通知、表决等程序均符合法律规定，并妥善处理缺席股东的权利。以下是从不同角度的详细分析：

一、会议召集与通知

1. 召集程序：无论是有限责任公司还是股份有限公司，股东会的召集均需按照《公司法》及公司章程的规定进行。通常，股东会由董事会召集，董事长主持；董事长不能履行职务或者不履行职务的，由副董事长主持；副董事长不能履行职务或者不履行职务的，，由半数以上董事共同推举一名董事主持。在特定情况下，如董事会不能履行或者不履行召集股东会会议职责时，监事会或者不设监事会的公司的监事可以召集和主持；如果监事会或者监事也不召集和主持，代表十分之一以上表决权的股东可以自行召集和主持。

2. 通知义务：公司必须提前按照公司章程规定的时间（如有限责任公司通常需提前15日）书面通知全体股东，包括不参会的股东，明确会议的时间、地点、议程等重要信息。对于股份有限公司，则需根据具体情况，在会议召开二十日前（或临时会议十五日前，无记名股票三十日前）进行通知或公告。通知应通过多种方式进行，如书面信函（建议使用挂号信或快递以保留签收凭证）、电子邮件、短信等，并妥善保存相关通知记录，以证明公司已尽到通知义务。

二、股东参会与表决

1. 股东权利：股东因故不能亲自出席股东会时，有权选择委托他人代为出席并行使表决权。这是股东的一项基本权利，旨在保障其即便无法亲自参会也能表达意见并参与决策。

2. 表决规则：

   • 有限责任公司：股东会的决议通常需经代表二分之一以上表决权的股东通过（具体比例可由公司章程规定）。对于重大事项，如修改公司章程、增减注册资本、公司合并分立等，则需三分之二以上表决权通过。
   • 股份有限公司：股东大会的决议需经出席会议的股东所持表决权过半数通过（特殊决议事项需更高比例，如三分之二以上）。

3. 缺席处理：未参加会议的股东视为放弃在本次会议上的投票权等相关权利。但若股东会决议违反法律、行政法规或公司章程，损害其合法权益，缺席股东可在决议作出之日起六十日内请求人民法院撤销该决议。

三、会议记录与决议执行

1. 会议记录：为确保股东会的合法性和有效性，会议应做好详细记录，包括讨论内容、表决结果等，以备后续查阅和可能的法律争议解决。记录应由出席会议的股东签名确认。

2. 决议执行：股东会作出有效决议后，公司应按决议积极推进工作，并监督执行情况。无论股东是否出席会议，公司都应如实记录股东会的讨论内容和表决结果，并形成正式的会议决议，按照公司章程规定进行公告或通知所有股东。

四、特殊情况处理

1. 大股东不参会：若大股东不参会，公司应首先确认通知程序是否合规，并尝试与大股东沟通了解其缺席原因。若大股东长期不参会影响公司决策和运营，公司可考虑通过修改公司章程、增加股东会的灵活性等方式来应对。同时，公司应确保决策过程中充分考虑大股东的权益，避免损害其合法权益。

2. 股东争议解决：若股东对决议有异议或认为权益受损，可通过法律途径寻求救济，如向人民法院提起诉讼，请求撤销或变更股东会决议。在此过程中，公司应积极配合法院的调查和审理工作，并提供相关证据和资料。

建议：为确保股东会的合法性和有效性，公司应严格遵守《公司法》及公司章程的规定，提前做好会议的召集、通知和准备工作。同时，公司应加强与股东的沟通和交流，了解股东的意见和需求，增强股东的参与度和信任感。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。