针对“股东故意不参加股东会怎么办”这一问题，以下是从多个角度给出的详细分析和建议：
一、确认通知程序的有效性
首先，公司应确保已按照《公司法》及公司章程的规定，提前向该股东发出了股东会会议通知，并明确了会议的时间、地点、议题等重要信息。通知程序的有效性是确保股东会决议合法性的基础。如果通知程序存在瑕疵，股东有权提出异议，甚至可能影响决议的有效性。
二、区分决议事项及股权比例
一般事项：对于普通决议事项，如公司日常运营决策等，通常只需代表一定比例以上表决权的股东出席并通过即可。若该股东的表决权不影响此比例，股东会仍可正常召开并作出决议。
特殊事项：对于修改公司章程、增减注册资本、公司合并、分立、解散或变更形式等特殊决议事项，需经代表三分之二以上表决权的股东通过。若该股东的表决权可能影响此比例，公司应尽量与其沟通，了解其拒绝参会的原因，并尝试协商解决方案，以确保决议能够顺利通过。
三、记录缺席情况与沟通解决
记录缺席情况：在股东会会议记录中，应明确记载缺席股东的姓名、持股比例及未出席原因（如已知）。这有助于后续处理可能出现的争议。
沟通解决：公司应主动与缺席股东沟通，了解其拒绝参会的原因。可能是利益诉求未满足、时间或其他客观原因。在合法合规的前提下，公司可以尝试协商解决方案，如调整会议时间、采用远程参与方式等。
四、处理恶意不参会的情况
若股东出于不正当目的恶意拒绝参加股东会，阻碍公司正常决策和运营，且有充分证据证明，公司可依法采取相应措施：
依据公司章程限制权利：公司章程可能规定了对不参加会议的股东表决权的限制等条款。公司可以依据这些条款，限制该股东的相关权利。
通过法律途径维护权益：在极端情况下，如果股东的恶意不参会行为对公司的正常运营和其他股东的利益造成了严重损害，公司可以考虑向人民法院提起诉讼，要求该股东履行其作为股东的义务，参加股东会。
五、按照章程进行表决与记录异议
表决程序：即使部分股东未出席，只要出席股东的表决权达到法定要求，会议仍可正常进行并表决。表决结果应按实际出席并投票的股东意见统计和记录。
记录异议：对于因故未能出席但对会议议题有异议的股东，应确保其异议被记录和考虑。股东可以通过书面形式提交异议意见，以便后续处理。
六、遵循公司治理原则
在处理股东拒绝参加股东会的问题时，公司应遵循公平、公正、透明和效率等公司治理基本原则。确保所有股东权益得到平等对待，避免任何形式的歧视或不公平待遇。
七、决议的后续处理
决议效力：依法定程序作出的有效决议对拒绝参会股东同样具有约束力。股东应遵守并执行决议内容。
执行与追责：若该股东不执行决议，公司可通过协商、催告等方式要求其履行义务；若仍拒不履行，可根据具体情况通过法律途径追究责任。
示例说明：
假设某公司召开股东会，讨论增资扩股事宜。大股东A故意不参加会议，导致出席会议的股东所持表决权未达到三分之二以上。此时，公司应首先确认通知程序的有效性，并尝试与大股东A沟通了解其拒绝参会的原因。如果沟通无果，且大股东A的行为对公司的正常运营造成了严重影响，公司可以考虑依据公司章程限制其相关权利，或通过法律途径维护权益。同时，公司应确保其他出席会议的股东所持表决权达到法定要求，并按照章程规定的表决规则进行表决，以确保决议的有效性和合法性。
综上所述，面对股东故意不参加股东会的情况，公司应综合考虑多个方面，确保会议的顺利进行及决策的合法性，同时尊重和保护股东的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。