扣押清单和发还清单在刑事案件中主要作为书证使用。以下是对这一结论的详细解释：

1. 书证的定义与特性：

   • 书证是指以其内容来证明待证事实的有关情况的文字材料。它通常是以文字、符号、图形等方式所记载的内容或表达的思想来证明案件事实的证据。
   • 书证具有客观性、稳定性和关联性等特点，能够直接、客观地反映案件事实，是刑事诉讼中重要的证据类型之一。

2. 扣押清单作为书证的作用：

   • 扣押清单是公安机关在侦查过程中，对涉案财物进行扣押时制作的清单。它详细记录了被扣押财物的名称、数量、特征等信息，是证明涉案财物来源、去向和状态的重要证据。
   • 在刑事诉讼中，扣押清单可以作为证明犯罪嫌疑人是否实施了犯罪行为、犯罪行为的性质、情节以及犯罪后果等事实的书证。例如，在盗窃案件中，扣押清单可以证明被盗财物的种类和数量，从而帮助确定犯罪嫌疑人的盗窃数额和犯罪情节。

3. 发还清单作为书证的作用：

   • 发还清单是公安机关在侦查终结后，将扣押的涉案财物发还给被害人或合法持有人时制作的清单。它记录了发还财物的名称、数量、特征以及发还时间、地点和接收人等信息。
   • 发还清单在刑事诉讼中主要作为证明涉案财物已经发还给被害人或合法持有人的书证。它有助于确认涉案财物的最终归属，保护被害人或合法持有人的财产权益，并作为案件处理结果的一部分，体现司法公正和效率。

4. 扣押清单与发还清单的关联性与证据效力：

   • 扣押清单和发还清单在刑事诉讼中相互关联，共同构成了涉案财物处理过程的完整证据链。扣押清单证明了涉案财物的初始状态，而发还清单则证明了涉案财物的最终处理结果。
   • 两者作为书证，具有相同的证据效力。在刑事诉讼中，它们可以作为证明案件事实的重要依据，帮助法庭查明真相，作出公正判决。

总结与建议： 扣押清单和发还清单在刑事案件中主要作为书证使用，它们对于证明案件事实、保护当事人权益以及体现司法公正和效率具有重要意义。在处理刑事案件时，应重视这两份清单的制作和保存工作，确保它们的真实性和完整性。如果您在刑事案件中遇到相关问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。