在医疗纠纷中，若后期手术费被告垫付不足，可按以下步骤处理：

1. 协商解决：

   • 主动沟通：首先，建议与对方（被告或其保险公司）进行友好协商，明确表达手术费不足的情况，并提供相关医疗费用单据和医生建议，以证明后续治疗费用的必要性和合理性。
   • 寻求妥协：在协商过程中，可以探讨分期支付、增加垫付比例等灵活方案，以减轻当前的经济压力。

2. 法律途径：

   • 申请先予执行：如果协商无果，且患者情况紧急，需要立即进行手术，可以向法院申请先予执行。先予执行是法院在终审判决作出之前，因当事人一方生活或生产的急需，依法裁定义务人预先履行义务的制度。这可以确保患者及时获得必要的手术治疗。
   • 提起诉讼或追加诉讼请求：如果尚未提起诉讼，可以在起诉时将后期手术费等后续治疗费用作为诉讼请求的一部分。如果已经提起诉讼，但未包括后期手术费，可以在诉讼过程中向法院申请追加诉讼请求，要求被告承担后期手术费用。
   • 证据收集：在诉讼过程中，务必收集并保存好所有与医疗纠纷相关的证据，包括医疗记录、费用单据、医生证明等，以证明后期手术费的合理性和必要性。

3. 寻求社会救助或慈善援助：

   • 社会救助：如果经济困难，无法承担后期手术费用，可以向当地的社会救助机构申请援助，如民政部门、红十字会等。
   • 慈善援助：也可以寻求慈善组织或公益基金的帮助，这些组织通常会为经济困难的患者提供医疗援助。

4. 与医院沟通：

   • 延期支付或分期付款：与医院沟通，说明当前的经济困难和被告垫付不足的情况，请求医院给予一定的宽限期或同意分期付款。
   • 医疗救助基金：了解医院是否设有医疗救助基金或相关救助政策，看是否符合申请条件。

行动建议：

• 优先尝试与被告协商解决，以节省时间和成本。
• 如果协商无果，且情况紧急，立即向法院申请先予执行。
• 同时，积极收集证据，准备提起诉讼或追加诉讼请求。
• 不要忽视社会救助和慈善援助的可能性，它们可能为你提供及时的帮助。

在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。