结论：工程款已付但完税证明未开，一般情况下不影响工程款的支付本身，但可能涉及税务合规问题，且在特定情境下可能影响工程款的合法转移或使用。以下从不同角度详细分析：
一、工程款支付与完税证明的关系
工程款支付的本质：工程款支付是建设工程施工合同中发包人向承包人支付已完成工程部分对应价款的行为。这一行为主要基于合同的约定和工程的实际完成情况，与是否开具完税证明无直接关联。
完税证明的作用：完税证明是税务机关出具的，证明纳税人已按照税法规定缴纳税款的凭证。在工程款支付过程中，完税证明通常作为承包人履行纳税义务的证明，但并非工程款支付的必备条件。
二、未开具完税证明可能带来的问题
税务合规风险：如果承包人未按照税法规定缴纳工程款对应的税款，且未开具完税证明，则可能面临税务机关的处罚，包括补缴税款、加收滞纳金、罚款等。这虽然不直接影响工程款的支付，但可能影响承包人的财务状况和信誉。
影响工程款合法转移或使用：在某些特定情境下，如涉及跨境支付、政府采购等，完税证明可能作为工程款合法转移或使用的必要条件。如果未开具完税证明，可能导致工程款无法顺利转移或使用。
三、建议与措施
及时开具完税证明：承包人应按照税法规定及时缴纳工程款对应的税款，并开具完税证明。这既是履行纳税义务的要求，也是保障自身权益的必要措施。
完善合同条款：在签订建设工程施工合同时，双方应明确约定工程款支付与完税证明开具的关系，以及未开具完税证明可能带来的后果和责任承担方式。这有助于减少纠纷的发生，并保障双方的合法权益。
咨询专业税务律师：如果涉及复杂的税务问题或存在税务合规风险，建议承包人及时咨询专业税务律师的意见。税务律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案，帮助承包人规避税务风险并保障自身权益。
四、特殊情况下的处理
如果因特殊原因（如税务机关系统故障、承包人财务困难等）导致无法及时开具完税证明，双方应协商解决方案。例如，可以约定在完税证明开具前暂缓支付部分工程款，或者由发包人先行垫付税款并由承包人后续偿还等。这些解决方案应在合同中明确约定，并确保符合相关法律法规的规定。
最后，工程款已付但完税证明未开的情况，虽然不影响工程款支付本身，但可能带来税务合规风险和影响工程款的合法转移或使用。因此，建议承包人及时开具完税证明，并在合同中明确约定相关条款以保障双方权益。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。