如果已经归还了借款但未能及时索回借条，而对方又因此起诉您，这种情况确实会让人感到焦虑和困扰。不过，别担心，通过采取一系列合理且有效的措施，您可以有力地反驳对方的起诉主张，并维护自身的合法权益。以下是一些详细的建议：
一、全面收集还款证据
这是应对此类纠纷的关键步骤。您需要尽可能收集所有能证明您已经还款的证据，包括但不限于：
银行转账记录：如果您是通过银行转账还款的，务必保留好转账凭证和银行流水明细。这些记录能清晰显示转账的时间、金额、双方账号等关键信息，是证明还款事实的有力证据。
第三方支付平台记录：如果您使用微信、支付宝等第三方支付平台还款，可以导出完整的支付记录作为证据。这些记录同样能显示还款的时间、金额和交易双方的信息。
还款收条或书面还款协议：如果还款时对方出具了收条或双方签订了书面还款协议，这些文件能直接证明还款事宜，务必妥善保管。
聊天记录或通话录音：保留与债权人在还款前后的沟通记录，如微信、短信聊天或电话录音。如果这些记录中包含对方承认收到还款的内容，也可以作为辅助证据。
证人证言：如果还款时有第三人在场见证，可以请其作为证人出庭作证，证明还款事实。
二、积极应诉并准备答辩
在收到法院传票和起诉状副本后，您需要积极应诉并准备答辩：
仔细阅读起诉状：了解对方的诉求和依据，明确争议点，以便有针对性地准备答辩材料。
撰写并提交答辩状：在规定时间内向法院提交答辩状，详细陈述还款事实，附上相关证据材料，反驳对方的主张。答辩状应条理清晰、逻辑严密，确保法官能够全面了解您的立场和证据。
按时参加庭审：遵守法庭纪律，尊重法官和其他诉讼参与人。在庭审中，清晰陈述还款经过，出示证据，接受质证。对于对方的不合理诉求，要依据事实和法律进行有力反驳。
三、要求对方提供借条原件
在诉讼过程中，您可以要求对方提供借条原件进行核对。如果对方无法提供或原件存在瑕疵（如涂改、伪造等），这将严重影响其诉求的成立。
四、寻求专业法律帮助
面对复杂的法律纠纷，咨询并委托专业律师是明智之举。律师能提供专业的法律建议，帮助您评估案件情况，准备证据材料，确保诉讼过程中的每一步都符合法律规范。同时，律师还能在庭审中为您辩护，提高胜诉的可能性。
五、保持冷静与配合
面对诉讼，保持冷静和理智至关重要。避免因情绪激动而做出不利于自己的言行。同时，要积极配合法院的调查和审理工作，按时提交所需材料，确保诉讼程序顺利进行。
六、预防未来纠纷
为避免类似纠纷再次发生，建议您在归还借款后及时索回借条并妥善保管。如果债权人拒绝归还借条，可以要求其出具收据并注明原借条作废。同时，保留好所有与借款和还款相关的证据材料，以备不时之需。
综上所述，通过全面收集还款证据、积极应诉并准备答辩、要求对方提供借条原件、寻求专业法律帮助以及保持冷静与配合等措施，您可以有效应对因未及时索回借条而被起诉的情况，并维护自身的合法权益。