在合同纠纷中，双方达成协议后，法院在特定情况下可以依职权解除保全措施。以下是对这一问题的详细分析：
一、法院依职权解除保全的法律依据
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，法院在采取保全措施后，如果发现保全措施不当或者情况发生变化，使得保全措施不再必要，法院有权依职权解除保全。这通常发生在以下几种情形：
保全措施错误或不当：如果法院最初采取的保全措施存在错误，或者由于情况变化，保全措施显得不再恰当，法院可以依职权解除保全。
被申请人提供充分担保：在保全期间，如果被申请人提供了充分且可靠的担保，足以保障申请人的合法权益，法院也可以考虑解除保全措施。
双方达成和解或协议：在合同纠纷中，如果双方当事人在保全期间达成了和解协议或者调解协议，并且该协议已经得到履行或者双方同意解除保全，法院可以依职权解除保全。
二、双方达成协议后法院解除保全的具体操作
提交申请或法院依职权审查：在双方达成协议后，通常是由被申请人向法院提交解除保全的申请，并附上相关协议作为证据。然而，法院在审查过程中，如果发现双方已经达成协议且该协议足以保障申请人的权益，也可以依职权主动解除保全。
法院审查与决定：法院在收到解除保全的申请或依职权审查后，会仔细审查双方达成的协议内容、履行情况以及是否足以保障申请人的合法权益。如果法院认为解除保全不会损害申请人的利益，且符合法律规定，就会作出解除保全的裁定。
执行解除保全裁定：一旦法院作出解除保全的裁定，就会立即执行，解除对被申请人财产或行为的限制措施。
三、注意事项与建议
及时沟通与协商：在合同纠纷中，双方当事人应积极沟通与协商，尽早达成和解或调解协议。这不仅可以减少诉讼成本和时间消耗，还有助于维护双方的良好关系。
保留相关证据：在达成协议后，双方应妥善保留相关证据，如协议文本、履行凭证等。这些证据在申请解除保全或法院审查过程中将起到重要作用。
遵循法律程序：无论是申请解除保全还是法院依职权解除保全，都必须遵循法律程序。双方当事人应了解并遵守相关法律规定，确保自己的权益得到保障。
如有具体合同纠纷或保全措施相关的问题，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，提供更详细、更专业的法律建议。