出租车公司在仅投保50万三者险且保险公司拒赔的情况下，是否需承担责任需分情况讨论，具体分析如下：

1. 若事故损失未超过50万保额，且无免责情形
   保险公司应全额赔付，出租车公司无需额外担责。但若公司未按时缴纳保费、车辆未年检或驾驶员无证驾驶等导致保险公司拒赔，则公司需自行承担全部赔偿责任。

2. 若事故损失超过50万保额
   超出部分原则上由侵权方（即出租车公司或驾驶员）承担。此时需进一步区分：

   • 公司承担连带责任：若驾驶员因执行职务行为导致事故，公司作为雇主需对超出部分承担赔偿责任（依据《民法典》第1191条）。
     
   • 驾驶员个人担责：若驾驶员存在故意或重大过失（如酒驾、逃逸），公司承担赔偿责任后可向其追偿。

3. 若保险公司拒赔存在争议
   例如保险公司以“未及时报案”为由拒赔，但公司能证明已履行通知义务，此时可通过诉讼要求保险公司赔付。若法院判决保险公司败诉，则公司无需担责；若判决支持保险公司，则公司需承担相应后果。

建议行动：

• 立即核查保险合同条款，确认拒赔理由是否成立；
  
• 收集事故认定书、医疗记录等证据，评估损失总额；
  
• 若损失超保额，尽快与受害方协商赔偿方案，避免诉讼风险；
  
• 如有争议，可委托律师对保险公司拒赔决定提起复议或诉讼。
  

如有进一步细节需要分析，可直接向我咨询。