违反《土地权属争议调查处理办法》第十四条第一项、第三项、第五项的，需根据具体违法情形，由自然资源主管部门依法作出责令改正、限期办理、行政处罚等处理，情节严重的可能涉及行政处分或刑事责任。以下是具体分析：

一、第十四条核心内容回顾

该条款主要规范土地权属争议调查处理中的程序性要求，具体涉及：

1. 第一项：申请人需提交与争议土地相关的权属证明材料；
2. 第三项：自然资源主管部门需在受理申请后指定承办人，并通知申请人；
3. 第五项：承办人需实地调查、取证，并制作调查笔录。

二、违法情形及处理方式

1. 未提交权属证明材料（违反第一项）

• 处理：自然资源主管部门可责令申请人限期补交材料；逾期未补交的，不予受理或终止调查。
• 依据：若因材料缺失导致争议无法查清，可能影响最终处理结果，但一般不直接处罚申请人。

2. 未指定承办人或未通知申请人（违反第三项）

• 处理：
  • 对自然资源主管部门：责令改正，重新指定承办人并通知申请人；
  • 对直接责任人员：可能给予行政处分（如警告、记过等），若因程序违法导致当事人权益受损，可能承担国家赔偿责任。
• 依据：《行政机关公务员处分条例》及《国家赔偿法》相关规定。

3. 未实地调查或取证（违反第五项）

• 处理：
  • 对承办人：责令重新调查，并可能给予行政处分；
  • 若因调查不实导致处理结果错误：撤销原处理决定，重新调查处理，并追究相关人员责任；
  • 情节严重（如伪造证据、徇私舞弊）：可能构成滥用职权罪或玩忽职守罪，依法追究刑事责任。
• 依据：《刑法》第三百九十七条（国家机关工作人员滥用职权、玩忽职守罪）。

三、综合处理建议

1. 对当事人：若因程序违法导致权益受损，可向上一级自然资源主管部门申请行政复议，或直接向法院提起行政诉讼。
2. 对行政机关：需加强内部监督，确保程序合法；若被追责，应积极配合调查，及时纠正错误。
3. 对承办人：严格遵守法定程序，避免因疏忽或故意违法承担行政或刑事责任。

提示：土地权属争议处理程序严格，任何环节违法均可能影响结果合法性。若您涉及具体案件，建议提供详细信息（如争议土地位置、违法情形等），以便进一步分析。