违反《中华人民共和国土地管理法实施条例》第二十一条的处罚，需结合具体违法情形，依据相关条款确定处罚措施。具体分析如下：

1. 第二十一条的核心内容
   该条款主要规范建设项目用地预审程序，要求建设单位在项目可行性研究阶段，需向自然资源主管部门申请用地预审，未依法取得预审意见的，不得批准农用地转用或土地征收，也不得批准开工建设。

2. 违法情形及处罚依据

   • 未申请用地预审即开工：
     若建设单位未取得预审意见擅自开工，属于程序违法。根据《土地管理法实施条例》第五十七条，可能面临责令停止建设、限期改正；逾期不改正的，处罚款（具体标准由地方规定，通常为工程造价的1%-5%）。
     
   • 预审意见过期后继续使用：
     预审意见有效期通常为3年，过期后未重新申请而继续使用的，同样构成违法，处罚措施与上述一致。
     
   • 以欺骗手段取得预审意见：
     若通过虚假材料获取预审，除撤销预审意见外，还可能依据《行政许可法》第六十九条，对责任单位或个人处罚款，并追究相关人员责任。

3. 关联法律责任

   • 若违法用地涉及农用地转用或土地征收，还可能触犯《土地管理法》第七十七条，面临没收违法所得、罚款（违法用地每平方米100-1000元），甚至追究刑事责任（如非法占用农用地罪）。
     
   • 若项目涉及生态保护红线或永久基本农田，处罚将更严厉，可能包括恢复土地原状、高额罚款等。

建议：若您或您的单位涉及此类问题，需立即停止违法行为，补办相关手续，并主动与自然资源主管部门沟通。如有具体案件细节，可直接向我咨询，我将结合地方规定和案例进一步分析。