结论：针对您提出的“个税工资5000，实际工资3500，是否可以仲裁”的问题，这确实是一个涉及劳动权益的问题，您有权就此向劳动仲裁机构提出仲裁申请。以下是我从多个角度为您进行的分析：
一、法律背景与依据
劳动合同与实际支付：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者签订的劳动合同中应当明确约定工资支付标准、支付时间等关键条款。
- 如果劳动合同中约定的工资与实际支付的工资不符，且用人单位无法提供合理理由或证据证明其支付行为的合法性，那么劳动者有权要求用人单位按照劳动合同约定支付工资，并可以就此向劳动仲裁机构提出仲裁申请。
个税申报与工资支付：
- 个税申报的工资数额是用人单位向税务部门申报的劳动者应纳税所得额，它并不直接等同于劳动者实际收到的工资数额。
- 如果个税申报的工资数额高于实际支付的工资数额，且这种差异是由于用人单位的错误申报或故意隐瞒导致的，那么劳动者同样有权要求用人单位纠正这一错误，并按照实际应得的工资数额进行支付。
二、仲裁申请的可能性与流程
仲裁申请的可能性：
- 在您描述的情况下，如果用人单位确实存在未按照劳动合同约定支付工资或错误申报个税导致您实际收入受损的情况，那么您完全有权向劳动仲裁机构提出仲裁申请，要求用人单位支付差额工资并可能承担其他法律责任。
仲裁申请的流程：
- 准备证据：您需要收集并整理相关证据，如劳动合同、工资条、个税申报记录等，以证明用人单位存在未按照约定支付工资或错误申报个税的行为。
- 提交仲裁申请：向当地劳动仲裁机构提交仲裁申请，并附上相关证据材料。仲裁机构将受理您的申请，并安排开庭审理。
- 参与仲裁审理：在仲裁审理过程中，您需要陈述事实、提供证据，并回答仲裁员的提问。用人单位也将有机会进行陈述和答辩。
- 等待仲裁裁决：仲裁机构将根据双方提供的证据和陈述，作出仲裁裁决。如果裁决支持您的请求，用人单位需要按照裁决结果支付差额工资并可能承担其他法律责任。
三、可能面临的法律后果与建议
法律后果：
- 如果仲裁机构裁决支持您的请求，用人单位需要按照裁决结果支付差额工资，并可能因违反劳动合同法而面临罚款或其他行政处罚。
- 如果用人单位拒绝执行仲裁裁决，您还可以向人民法院申请强制执行。
建议：
- 在提出仲裁申请前，您可以先尝试与用人单位进行协商，看是否能够通过友好方式解决争议。
- 如果协商无果，建议您及时咨询专业律师（即我本人，白建祥律师，专注于经济纠纷、交通事故、工伤赔偿领域），以获取更具体的法律建议和指导。
- 在仲裁过程中，保持冷静和理性，按照仲裁机构的要求提供证据和陈述事实，以维护自己的合法权益。
最后，如果您有任何进一步的疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供更详细、更专业的法律建议。