结论：检察院不起诉后，单位是否会开除员工，这主要取决于单位内部的规章制度以及员工的具体行为是否违反了这些规定，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：

一、检察院不起诉的法律含义

检察院不起诉，通常意味着检察院认为犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪，或者犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚，因此决定不向法院提起公诉。这并不意味着员工的行为完全无过错，只是从刑事法律的角度，其行为不构成犯罪或不需要追究刑事责任。

二、单位开除员工的法律依据

单位开除员工，通常依据的是《中华人民共和国劳动合同法》以及单位内部的规章制度。根据《劳动合同法》的相关规定，员工严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。这里的“严重违反”，通常指的是员工的行为严重违背了职业道德、工作纪律或者单位的核心利益。

三、检察院不起诉与单位开除的关系

1. 如果员工的行为未违反单位规章制度：

   • 即使检察院决定不起诉，单位也没有合法的理由开除员工。因为单位开除员工需要基于员工违反规章制度的事实，而检察院不起诉并不等同于员工没有违反单位规章制度。

2. 如果员工的行为违反了单位规章制度：

   • 即使检察院不起诉，单位仍然有权根据规章制度开除员工。因为单位开除员工的依据是内部的规章制度，而非刑事法律判决。只要员工的行为确实违反了规章制度，且规章制度本身合法有效，单位就有权解除劳动合同。

3. 特殊情况：

   • 在某些特殊情况下，如员工的行为虽然不构成犯罪，但严重损害了单位的声誉或利益，单位也可能根据规章制度或相关法律法规开除员工。这需要根据具体情况进行判断。

四、建议与注意事项

1. 员工方面：

   • 如果员工面临检察院不起诉但单位可能开除的情况，建议首先了解单位内部的规章制度，明确自己的行为是否违反了这些规定。
   • 如果认为单位开除决定不合理或违法，可以寻求法律援助或向劳动争议仲裁机构申请仲裁。

2. 单位方面：

   • 单位在决定开除员工前，应确保员工的行为确实违反了规章制度，且规章制度本身合法有效。
   • 单位应遵循法定程序进行开除，如提前通知员工、听取员工申辩等，以避免法律风险。

最后，检察院不起诉后单位是否会开除员工，取决于多种因素的综合考量。如果有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。