“两高”发布的《关于办理非法占用耕地案件适用法律若干问题的规定》明确了非法占用耕地案件的处理程序与执法要点，为依法保护耕地提供了有力的司法保障。以下是对非法占用耕地案件处理程序与执法要点的详细分析：
一、案件处理程序
行政处罚程序：
- 调查与取证：行政机关在发现非法占用耕地行为后，应履行合理审慎的调查义务，收集相关证据，包括现场勘查记录、照片、视频、证人证言等。
- 责令停止与限期拆除：根据调查结果，行政机关可以依法作出责令停止建设或者责令限期拆除在非法占用耕地上新建的建筑物和其他设施的决定。
- 制止继续施工：若建设单位或个人继续施工，行政机关可依据城乡规划法等有关法律、法规的规定，采取查封施工现场等措施予以制止。
- 行政处罚的追责期限：非法占用耕地的行为，在耕地恢复至未被占用的状态之前，应视为具有行政处罚法规定的“继续状态”，行政处罚的追责期限从违法行为终了之日起计算。
行政复议与行政诉讼程序：
- 行政复议：当事人对行政机关作出的责令限期拆除决定不服，可以根据行政复议法的规定，向行政机关申请行政复议。
- 行政诉讼：对行政复议决定不服的，当事人可以在法定期限内向人民法院提起行政诉讼；或者直接在接到责令限期拆除决定之日起十五日内，向人民法院提起行政诉讼。
刑事诉讼程序：
- 立案侦查：若非法占用耕地行为涉嫌构成非法占用农用地罪等犯罪，公安机关应依法立案侦查，收集犯罪证据。
- 审查起诉：侦查终结后，公安机关将案件移送人民检察院审查起诉。人民检察院认为犯罪事实清楚，证据确实、充分的，依法向人民法院提起公诉。
- 审判与执行：人民法院依法对案件进行审理，作出判决。判决生效后，由相关部门负责执行，包括拆除违法建筑、恢复耕地种植条件等。
二、执法要点
明确行政法律责任主体：
- 行政机关在履行合理审慎的调查义务后，仍不能确定非法占用耕地行为主体的情况下，以实际占有、使用土地且拒不配合行政机关依法处置行为的公民、法人或者其他组织，作为非法占用耕地行政法律责任主体。
严格合同效力认定：
- 当事人约定占用耕地建房、建窑、建坟、挖砂、采石、采矿、取土等，以及约定买卖、租赁建在耕地上的房屋等内容违反土地管理法的禁止性规定的，人民法院应当认定该约定无效。
明确刑事犯罪构成与量刑标准：
- 规定了非法占用耕地构成非法占用农用地罪的行为方式和数量标准，以及同时构成其他犯罪时的竞合适用规则。
- 明确了从重处罚和从宽处罚的情形，如暴力抗拒执法、向国家工作人员行贿等行为将从重处罚；而积极修复治理、恢复种植条件的行为则可能依法从宽处罚。
保障当事人诉权：
- 明确了责令限期拆除决定行政复议与行政诉讼的衔接以及起诉期限问题，充分保障当事人申请复议和提起诉讼的权利。
完善案件审理和裁判方式：
- 对非法占用耕地建设但用途符合国土空间规划的建筑物和其他设施作出责令限期拆除决定等情形，人民法院应当判决撤销责令限期拆除决定，并可以判决被告重新作出行政行为。
- 针对撤销责令限期拆除决定会给国家利益、社会公共利益造成重大损害的情形，人民法院判决确认责令限期拆除决定违法的同时，可以判决责令被告采取补救措施；给原告造成损失的，依法判决被告承担赔偿责任。
科学划分行政赔偿责任：
- 实践中，部分行政机关因工作人员与他人恶意串通、审查申请材料不严格等原因导致当事人非法占用耕地进行建设并因此遭受损失的，行政机关应当承担相应责任。人民法院应当根据行政诉讼法以及相关司法解释的规定，综合考虑批准行为在损害发生和结果中的作用大小等因素，依法确定行政机关的赔偿责任。
强化公益诉讼检察监督：
- 针对违反法律规定，非法占用耕地导致破坏生态环境和资源保护，损害国家利益或者社会公共利益的情形，人民检察院可以依据相关法律提起公益诉讼，强化对耕地的全链条保护。
此次“两高”发布的《规定》为非法占用耕地案件的处理提供了明确的法律依据和操作指南，有助于统一裁判规则、规范司法行为、依法保护耕地。 若您在非法占用耕地案件中遇到法律问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。