结论概述：在耕地保护制度背景下，两高发布的《关于办理非法占用耕地案件适用法律若干问题的规定》明确了非法占用耕地的行政、民事、刑事法律责任，以及公益诉讼职责，为依法保护耕地提供了全面的司法保障。以下结合新闻背景，从多个角度对非法占用耕地的处理进行分析。
一、行政法律责任
责任主体：根据《规定》第一条，违反土地管理法律、法规规定，实施非法占用耕地行为的公民、法人或者其他组织，为依法应当承担非法占用耕地行政法律责任的主体。若行政机关在履行合理审慎的调查义务后，仍不能确定责任主体，实际占有、使用土地且拒不配合行政机关依法处置行为的公民、法人或者其他组织，也将被视为责任主体。
制止权与追责期限：行政机关对新建违法建筑有权采取查封施工现场等措施制止继续施工（第二条）。非法占用耕地的行为，在耕地恢复至未被占用的状态之前，视为具有“继续状态”，行政处罚的追责期限从违法行为终了之日起计算（第三条）。
二、民事法律责任
合同效力：当事人约定占用耕地建房、建窑、建坟等，或约定买卖、租赁建在耕地上的房屋等内容，违反土地管理法禁止性规定的，人民法院应认定该约定无效（第八条）。
民事责任承担：合同被认定无效后，在确定财产返还、折价补偿、赔偿损失时，人民法院应按照诚信原则和公平原则，结合当事人的过错程度，合理确定各方应当承担的民事责任（第九条）。
三、刑事法律责任
非法占用农用地罪：明确了非法占用耕地构成非法占用农用地罪的行为方式和数量标准（第十一条、第十二条）。例如，非法占用并毁坏永久基本农田五亩以上，或非法占用并毁坏永久基本农田以外的其他耕地十亩以上，均构成犯罪。
竞合适用规则：非法占用耕地同时构成非法占用农用地罪、污染环境罪、非法采矿罪等犯罪情形下，依照处罚较重的规定定罪处罚（第十三条）。
从重与从宽处罚：规定了从重处罚和从宽处罚的情形（第十五条、第十六条）。例如，在行政主管部门作出责令停止违法行为、限期改正等行政处理决定后继续实施相关行为的，将从重处罚；而积极进行修复治理，恢复种植条件的，可以依法从宽处罚。
四、公益诉讼职责
针对违反法律规定，非法占用耕地导致破坏生态环境和资源保护，损害国家利益或者社会公共利益的情形，人民检察院可以依据相关法律提起公益诉讼，强化对耕地的全链条保护（第十条）。
五、热点事件延伸思考
法律后果的严肃性：两高发布的《规定》体现了国家对耕地保护的严肃态度，非法占用耕地将面临严厉的行政、民事和刑事法律责任。
公众启示：公众应增强法律意识，遵守土地管理法律法规，不非法占用耕地进行建设或其他活动。同时，对于发现的非法占用耕地行为，应及时向相关部门举报。
行业警示：对于涉及土地开发、建设的行业，应严格遵守相关法律法规，确保项目合法合规进行。对于违法违规行为，将面临严重的法律后果。
预防措施：政府和相关部门应加强耕地保护宣传教育，提高公众对耕地保护重要性的认识。同时，加强土地执法力度，及时发现和制止非法占用耕地行为。
总结与建议：在耕地保护制度背景下，非法占用耕地的处理将更加严格和规范。公众应增强法律意识，遵守相关法律法规；行业应严格自律，确保项目合法合规；政府和相关部门应加强宣传教育和执法力度，共同保护好我们的耕地资源。如有任何法律问题或疑虑，可直接向我咨询。