果农阻止施工的行为是否违法，需根据具体情况判断，但一般而言，若未通过合法途径维权而直接阻止施工，可能涉嫌违法。以下从不同角度为你详细分析：

一、果农的权利基础

果农因高速公路施工导致果树受到污染，其财产权益受到了侵害。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，果农有权要求侵权人（即施工单位）承担侵权责任，包括停止侵害、赔偿损失等。这是果农维权的基本法律依据。

二、果农维权的合法途径

1. 协商：果农可以首先尝试与施工单位进行协商，要求其停止污染行为并赔偿损失。这是最为直接和高效的解决方式。
2. 投诉：若协商无果，果农可以向当地环保部门或相关管理部门投诉，要求其介入调查并处理。
3. 诉讼：如果投诉也未能解决问题，果农还可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

三、阻止施工的合法性分析

1. 一般情况：若果农在未通过上述合法途径维权的情况下，直接阻止施工，这种行为可能涉嫌违法。因为阻止施工可能干扰了正常的施工秩序，侵犯了施工单位的合法权益。
2. 特殊情况：如果施工单位的污染行为已经对果农的果树造成了严重损害，且情况紧急，不立即阻止施工将导致损失进一步扩大，果农在来不及通过合法途径维权的情况下，可能会采取一些紧急措施来阻止施工。但即便如此，果农也应在事后尽快通过合法途径来确认自己的行为合法性，并寻求相应的法律救济。不过，这种紧急情况下的阻止行为仍然存在法律风险，并非绝对合法。

四、法律建议

1. 保持冷静与理性：面对侵权行为，果农应保持冷静与理性，避免采取过激行为。
2. 及时收集证据：果农应及时收集与污染行为相关的证据，如照片、视频、证人证言等，以便在后续维权过程中证明自己的损失和侵权人的责任。
3. 寻求法律帮助：如果果农对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助果农更好地维护自己的合法权益。

五、可能的法律后果

1. 若阻止施工行为被认定为违法：果农可能需要承担相应的法律责任，如赔偿施工单位因阻止施工而遭受的损失、接受行政处罚等。
2. 若通过合法途径维权成功：果农将能够获得相应的赔偿，并可能促使施工单位采取措施防止类似污染行为再次发生。

综上所述，果农在面对高速公路施工污染果树的情况时，应通过合法途径来维护自己的权益，避免采取可能涉嫌违法的阻止施工行为。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。