行政机关在修建公路占果树赔偿款有争议的情况下先行发放赔偿款，并不必然构成违法，但需满足一定条件且程序需合法合规。以下从不同角度进行分析：

一、行政机关先行发放赔偿款的合法性基础

1. 紧急避险与公共利益：在修建公路等涉及公共利益的工程中，若因拖延赔偿导致工程进度严重受阻，进而影响公共利益，行政机关可能基于紧急避险的原则，在争议未完全解决前先行发放赔偿款。但此举需严格遵循比例原则，确保对被征收人权益的损害降至最低。

2. 预付款或临时安置措施：行政机关可能以预付款或临时安置费的形式先行发放部分款项，以缓解被征收人的经济压力。这种做法在法律上通常被视为合法，但需明确款项性质，并在后续争议解决中予以抵扣或调整。

二、程序合法性要求

1. 公告与征求意见：根据《土地管理法》等相关法律法规，合法征收集体土地需严格履行公告征地批文、补偿方案等程序，并征求被征收人意见。若行政机关在未履行上述程序的情况下先行发放赔偿款，可能涉嫌程序违法。

2. 协商与签订补偿协议：征收方需与被征收人协商签订补偿协议，明确补偿标准、方式及期限等关键条款。若行政机关在未签订补偿协议的情况下单方面发放赔偿款，可能引发后续争议。

三、可能存在的法律风险与后果

1. 程序违法风险：若行政机关在先行发放赔偿款的过程中未遵循法定程序，如未公告征地批文、补偿方案，或未与被征收人协商签订补偿协议，可能面临程序违法的指控。这可能导致赔偿决定被撤销或变更，进而影响工程进度和公共利益。

2. 赔偿标准争议：在赔偿款有争议的情况下先行发放，可能因赔偿标准不合理而引发后续纠纷。若被征收人认为赔偿标准过低或未充分考虑其实际损失，可能通过行政复议或行政诉讼等途径寻求救济。

四、法律建议

1. 核查程序合法性：若您作为被征收人面临此类情况，首先应核查行政机关先行发放赔偿款的程序是否合法。包括是否公告了征地批文、补偿方案，是否与您协商签订了补偿协议等。

2. 保留证据并寻求救济：若您认为行政机关的行为存在违法或不当之处，应及时保留相关证据，如公告文件、补偿协议、现场照片等。同时，您可以通过行政复议或行政诉讼等途径寻求法律救济，维护自身合法权益。

3. 咨询专业律师：鉴于此类案件涉及复杂的法律程序和实体问题，建议您咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。作为专业律师，我可以为您提供全面的法律分析和策略建议，帮助您更好地应对此类纠纷。