在起诉过程中，若犯罪嫌疑人指认证据系伪造，可按以下步骤处理：
审查指认的合理性：
- 首先，要仔细审查犯罪嫌疑人指认证据伪造的陈述是否具有合理性和可信度。这包括考虑犯罪嫌疑人的动机、指认的具体内容、以及是否有其他证据支持或反驳其指认。
- 如果犯罪嫌疑人的指认缺乏具体细节或与其他证据相矛盾，那么其指认的可信度可能会降低。
调查证据的来源和真实性：
- 对被指认为伪造的证据进行深入调查，包括其来源、收集过程、保存状况等。
- 必要时，可以委托专业的鉴定机构对证据进行鉴定，以确定其真实性。例如，如果证据是一份文件，可以进行笔迹鉴定、文件形成时间鉴定等。
收集其他证据以支持或反驳指认：
- 积极收集其他相关证据，这些证据可以支持或反驳犯罪嫌疑人的指认。
- 例如，如果犯罪嫌疑人指认某份证言是伪造的，那么可以寻找其他证人或物证来验证该证言的真实性。
考虑犯罪嫌疑人的陈述作为证据：
- 犯罪嫌疑人的指认本身也可以作为一种证据，但需要谨慎对待。
- 在评估其指认时，要考虑其陈述的一致性、与其他证据的关联性以及是否存在矛盾点。
法律程序上的应对：
- 如果犯罪嫌疑人的指认对案件的走向产生重大影响，应及时与法院沟通，说明情况，并请求法院对相关证据进行审查。
- 在庭审过程中，可以通过交叉询问、质证等方式来进一步揭示证据的真实性或伪造性。
保护当事人权益：
- 在整个过程中，要确保当事人的合法权益得到保护。如果证据确实被伪造，那么应依法追究相关人员的责任，并确保当事人不受不公正的待遇。
举例说明：假设在一起盗窃案中，犯罪嫌疑人指认警方收集的某份监控录像系伪造。在这种情况下，律师可以首先审查犯罪嫌疑人的指认是否合理，比如他是否提供了具体的伪造细节或理由。然后，律师可以调查监控录像的来源和真实性，比如检查录像的存储设备、播放记录等。同时，律师还可以收集其他证据，如目击证人的证言、现场勘查记录等，来支持或反驳犯罪嫌疑人的指认。最后，在法律程序上，律师可以向法院提出对监控录像进行鉴定的申请，并在庭审过程中通过质证等方式来揭示其真实性。
总结：面对犯罪嫌疑人指认证据系伪造的情况，应全面审查指认的合理性、调查证据的来源和真实性、收集其他相关证据、谨慎对待犯罪嫌疑人的陈述作为证据、依法进行法律程序上的应对，并确保当事人的合法权益得到保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。