承包土地合同只签两年是否合法，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同期限的合法性基础
   根据《中华人民共和国民法典》合同编的相关规定，合同期限由双方当事人协商确定，法律并未对承包土地合同的最短期限或最长期限作出强制性规定。因此，从合同自由原则出发，两年期限本身并不违法。只要双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定或公序良俗，该期限约定即有效。

2. 需结合土地性质及用途判断

   • 农村土地承包法适用场景：若承包的是农村集体所有的土地（如耕地、林地、草地等），需进一步审查是否符合《中华人民共和国农村土地承包法》的规定。例如，该法规定耕地承包期为30年，草地承包期为30年至50年，林地承包期为30年至70年。但此类规定主要针对家庭承包方式（即本集体经济组织成员以户为单位承包土地）。若为其他方式承包（如通过招标、拍卖、公开协商等方式承包“四荒地”），则合同期限可由双方协商确定，两年期限合法。
     
   • 土地用途限制：若合同约定土地用于非农业建设（如建厂、建房等），需符合《中华人民共和国土地管理法》中关于土地用途管制的规定。未经依法批准擅自改变土地用途的，合同可能因违法而无效，但期限长短本身不影响合同效力判断。

3. 合同期限过短的潜在风险

   • 履行成本问题：若承包期限过短（如两年），承包方可能因担心期限届满后无法续期而缺乏长期投入动力（如改良土壤、建设基础设施等），导致土地资源利用效率低下。
     
   • 续期不确定性：合同到期后，若发包方拒绝续期或提高承包费用，承包方可能面临损失。但此属商业风险，除非发包方存在恶意违约或违反诚信原则，否则一般不构成违法。

4. 建议与注意事项

   • 明确约定续期条件：若双方希望长期合作，可在合同中约定续期条件（如优先续期权、续期费用计算方式等），以降低不确定性。
     
   • 审查发包方资格：确保发包方为土地所有权人或依法享有承包经营权发包权的主体（如农村集体经济组织、村民委员会等），避免因主体不适格导致合同无效。
     
   • 办理备案或审批手续：根据土地性质及用途，可能需向相关部门办理备案或审批手续（如承包“四荒地”需经乡（镇）人民政府批准）。未履行法定程序的，可能影响合同效力。

总结：承包土地合同签两年是否合法，需结合土地性质、承包方式及用途综合判断。若为其他方式承包“四荒地”或符合双方真实意思且不违反法律强制性规定，两年期限合法；但若为家庭承包耕地等且未达法定最低期限，则可能因违反法律强制性规定而无效。建议根据具体情况签订合同，并咨询专业律师以规避风险。