在起诉时，被告的名称应当根据其实际登记注册的名称来确定，如果经济合作社和集体经济组织是同一实体，则写其登记注册的名称；如果它们是不同的实体，则需要根据纠纷的具体情况来确定被告。以下是对这一问题的详细分析：

1. 经济合作社与集体经济组织的定义与关系：

   • 经济合作社：通常指的是一种经济组织形式，它可能由农民或其他经济主体自愿联合组成，旨在通过合作经营提高经济效益。经济合作社在法律上可能具有独立的法人资格，能够独立承担民事责任。
   • 集体经济组织：则是指由集体所有制经济成分构成的经济组织，它可能包括农村集体经济组织、城镇集体经济组织等。集体经济组织同样可能具有独立的法人资格。
   • 在某些情况下，经济合作社可能就是集体经济组织的一种表现形式，或者两者存在紧密的关联。但在其他情况下，它们可能是完全独立的两个实体。

2. 确定被告名称的原则：

   • 准确性：在起诉时，被告的名称必须准确无误，与登记注册的名称完全一致。这是确保法律文书能够正确送达、诉讼程序能够顺利进行的基础。
   • 相关性：被告应当是与纠纷有直接利害关系的主体。如果纠纷是与经济合作社的经营活动有关，那么被告就应该是经济合作社；如果纠纷是与集体经济组织的决策或管理有关，那么被告就应该是集体经济组织。

3. 具体操作建议：

   • 查阅登记资料：在起诉前，建议查阅相关经济合作社或集体经济组织的登记资料，了解其准确的名称、法定代表人、住所等信息。
   • 咨询相关部门：如果无法确定被告的具体名称或存在疑问，可以咨询当地的市场监管部门、农业农村部门或民政部门等，以获取准确的信息。
   • 根据纠纷性质确定：根据纠纷的具体性质和内容，判断是与经济合作社还是集体经济组织有关，从而确定被告。例如，如果纠纷涉及土地承包经营权，那么可能更倾向于将集体经济组织作为被告；如果纠纷涉及合作社内部的经营管理，那么可能更倾向于将经济合作社作为被告。

4. 法律后果与风险提示：

   • 如果被告名称填写错误或不明确，可能导致法律文书无法送达、诉讼程序受阻或判决无法执行等后果。
   • 因此，在起诉前务必确保被告名称的准确性，并尽可能提供详细的被告信息，以降低诉讼风险。

总结来说，在起诉时确定被告是写经济合作社还是集体经济组织，需要根据其实际登记注册的名称以及纠纷的具体情况来判断。如果有任何疑问或不确定之处，建议直接向我咨询，以便更准确地确定被告并顺利推进诉讼程序。