若遇到运管部门程序违法的情况，您可以通过行政复议、行政诉讼、投诉举报等途径来维护自身合法权益。以下是具体分析和建议：

1. 行政复议
   根据《行政复议法》的规定，若您认为运管部门的具体行政行为（如处罚、扣押等）程序违法，侵犯了您的合法权益，可以在知道该具体行政行为之日起60日内，向作出该行为的运管部门的上一级主管部门或本级人民政府申请行政复议。复议机关将对运管部门的行为进行全面审查，若确认程序违法，将依法撤销、变更或确认该行为违法，并可责令运管部门重新作出行政行为。

2. 行政诉讼
   若您对行政复议结果不满意，或认为运管部门的行为严重侵犯了您的权益，您可以在收到复议决定书之日起15日内，或直接在知道运管部门作出具体行政行为之日起6个月内，向人民法院提起行政诉讼。法院将依法对运管部门的行为进行司法审查，若确认程序违法，将判决撤销、部分撤销或确认该行为违法，并可判决运管部门承担相应的法律责任。

3. 投诉举报
   除了上述法律途径外，您还可以向运管部门的纪检监察部门或上级主管部门进行投诉举报，反映运管部门程序违法的情况。这些部门将对您的投诉进行调查处理，若确认存在违法行为，将依法对相关责任人进行处分，并督促运管部门纠正违法行为。

在处理此类问题时，您需要注意以下几点：

• 保留证据：务必保留好与运管部门交涉的所有证据，包括书面材料、录音、录像等，以便在后续的法律程序中证明运管部门程序违法的事实。
• 及时行动：行政复议和行政诉讼都有严格的时效限制，您需要在规定的期限内提出申请或起诉，否则将丧失救济权利。
• 寻求专业帮助：由于法律程序较为复杂，建议您在处理此类问题时寻求专业律师的帮助，以确保您的权益得到充分维护。

如果您在处理过程中遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。