结论：村委做出的承包合同虽已生效，但若存在程序违规且构成实体违法的情况，申请法院撤销的可能性存在，但具体能否撤销需视违规和违法的严重程度、对合同效力的影响以及法院的认定而定。以下从不同角度进行分析：
一、程序违规对合同效力的影响
程序违规的严重性：
- 如果程序违规只是轻微瑕疵，如未按照特定格式通知相关方，但并未影响合同的实质内容和公平性，那么法院可能不会因此撤销合同。
- 如果程序违规严重，如未经法定程序表决、未公开招标等，且这些程序是合同生效的必要条件，那么合同可能因程序违法而被撤销。
相关法律规定：
- 根据《民法典》的相关规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，但是该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。如果程序违规违反了法律的强制性规定，且该规定直接关联到合同的效力，那么合同可能被撤销。
二、实体违法对合同效力的影响
实体违法的性质：
- 实体违法指的是合同内容本身违反了法律、行政法规的强制性规定或公序良俗。例如，合同中约定的条款侵犯了国家利益、社会公共利益或他人合法权益。
- 如果合同存在实体违法，那么无论程序是否违规，合同都可能被认定为无效或可撤销。
相关法律规定：
- 同样依据《民法典》，如果合同内容违反法律、行政法规的强制性规定，或者违背公序良俗，那么合同无效。此外，如果一方以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立的合同，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构变更或者撤销。
三、申请法院撤销合同的考虑因素
证据收集：
- 在申请法院撤销合同前，需要收集充分的证据证明合同存在程序违规和实体违法的情况。这可能包括合同文本、相关会议记录、招标文件、证人证言等。
诉讼策略：
- 根据具体情况制定合适的诉讼策略，如选择合适的诉讼请求、确定被告、准备充分的法律论证等。
法院认定：
- 最终合同能否被撤销取决于法院的认定。法院会综合考虑合同的具体内容、程序违规和实体违法的严重程度、对合同效力的影响以及双方当事人的利益平衡等因素来作出判决。
四、建议
咨询专业律师：
- 在处理此类复杂法律问题时，建议咨询专业律师以获取更具体、更专业的法律意见。律师可以根据你的具体情况分析合同的效力、收集证据、制定诉讼策略等。
积极应对：
- 如果认为合同存在程序违规和实体违法的情况，应积极采取措施维护自己的合法权益，如向法院提起诉讼或申请仲裁等。
注意时效：
- 注意诉讼时效的问题，确保在法定的期限内提起诉讼或申请仲裁，以免丧失维权的机会。
如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律意见。