结论：可以以欠款本息合计为基数重新约定违约金，但需注意该约定需合法合理，且不得违反法律法规的强制性规定。

分析：

1. 合同自由原则：

   • 在民间借贷等合同关系中，双方当事人享有合同自由，即有权在法律允许的范围内自由约定合同条款，包括违约金的计算方式和基数。因此，从合同自由的角度出发，双方可以约定以欠款本息合计为基数来计算违约金。

2. 合法性与合理性：

   • 虽然合同自由是基本原则，但约定的违约金必须合法合理。合法性要求违约金条款不得违反法律法规的强制性规定，如不得设定过高的违约金以规避法律对利息的限制等。合理性则要求违约金的数额应当与违约造成的损失相当，不得过分高于或低于实际损失。
   • 如果以欠款本息合计为基数约定的违约金过高，可能被视为“高利贷”或“变相高利贷”，从而受到法律的限制或调整。因此，在约定违约金时，双方应充分考虑违约可能造成的损失，并据此设定合理的违约金数额。

3. 实际操作建议：

   • 在约定以欠款本息合计为基数计算违约金时，建议双方明确违约金的计算方式、支付时间等具体条款，以避免未来产生纠纷。
   • 同时，双方也可以考虑在合同中设定违约金调整机制，如根据违约情况、市场利率变化等因素对违约金数额进行适时调整，以确保违约金的合理性和公平性。

4. 法律后果：

   • 如果双方约定的违约金合法合理，且未违反法律法规的强制性规定，那么该约定将具有法律效力。一旦一方违约，另一方有权依据合同约定要求违约方支付违约金。
   • 如果违约金约定过高或过低，可能面临被法院调整的风险。法院将根据违约情况、实际损失等因素对违约金数额进行合理调整，以确保违约金的公平性和合理性。

举例：

假设甲向乙借款10万元，约定年利率为10%，借款期限为一年。同时，双方约定如果甲未能按时还款，则需以欠款本息合计为基数（即11万元）支付每日万分之五的违约金。这样的约定在合法合理的范围内，是有效的。但如果双方约定的违约金过高，如每日百分之一，则可能被视为过高而受到法律的限制或调整。

总结与建议：

在民间借贷等合同关系中，双方可以约定以欠款本息合计为基数来计算违约金，但需注意该约定必须合法合理，且不得违反法律法规的强制性规定。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。