结论：高标准农田建设履约保证金是否可以从入场费中扣除，需根据合同约定、法律规定及实际履行情况综合判断，不能一概而论。以下分情况说明：

1. 若合同明确约定“入场费可抵扣履约保证金”
   根据《民法典》第465条“依法成立的合同，受法律保护”，若双方在合同中明确约定入场费（如进场费、管理费等）可用于抵扣履约保证金，且该条款不违反法律强制性规定（如未损害第三方利益、未违反招投标法等），则该约定有效，可依约扣除。
   示例：若合同载明“承包方需缴纳10万元入场费，该费用在项目验收合格后自动转为履约保证金”，则扣除行为合法。

2. 若合同未约定或约定不明

   • 法律层面：履约保证金与入场费性质不同。履约保证金是担保合同履行的金钱（依据《民法典》第587条），而入场费通常为场地使用或管理费用，二者无直接关联。若无合同依据，发包方单方扣除可能构成违约或不当得利。
     
   • 实务风险：若发包方强行扣除，承包方可主张返还并要求赔偿损失（如利息、维权成本等），甚至可能因发包方违约解除合同（依据《民法典》第563条）。

3. 特殊情形：入场费实为“变相履约保证金”
   若发包方以“入场费”名义收取费用，但实际用途为担保合同履行（如合同中隐含该目的），且金额合理（不超过主合同标的额的20%，依据《民法典》司法解释），可能被认定为履约保证金。此时扣除需满足：

   • 承包方存在违约行为（如未按时开工、质量不达标）；
     
   • 扣除程序符合合同约定（如提前通知、提供违约证据）；
     
   • 扣除后剩余金额及时退还（若合同履行完毕）。

建议行动：

1. 审查合同：重点查看关于入场费、履约保证金的条款，明确性质、金额、扣除条件；
   
2. 固定证据：若发包方无理扣除，保留缴费凭证、合同、沟通记录等证据；
   
3. 协商或诉讼：优先与发包方协商，协商不成可向法院起诉主张权利。
   

如有进一步细节（如合同条款、扣除原因等），可提供具体信息，我会为您详细分析。