违章建筑一般不可以重复立案，但存在特殊情形可能涉及不同处理方式，具体分析如下：

1. 同一行政机关针对同一违章建筑重复立案通常不被允许
   根据《行政处罚法》第二十九条，对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。若同一行政机关（如城管部门）已对某违章建筑立案并作出处罚决定（如责令限期拆除、罚款等），在处罚未被撤销或变更前，不得以相同事实和理由重复立案。例如，若城管已对某违建下达《责令限期拆除决定书》，后续不得仅因同一违建事实再次立案处罚。

2. 不同行政机关或不同法律关系可能涉及“类似重复立案”

   • 规划与土地部门分别处理：若违章建筑同时违反《城乡规划法》（如未取得建设工程规划许可证）和《土地管理法》（如非法占用农用地），规划部门和自然资源部门可能分别立案处理，但需注意：
     
     • 若两部门处罚内容重叠（如均要求拆除），可能因“一事不再罚”原则被协调；
       
     • 若处罚内容不同（如规划部门要求拆除，土地部门要求恢复土地原状），则可能并行处理。
       
   • 刑事与行政交叉情形：若违章建筑涉及刑事犯罪（如通过行贿获取建设许可），公安机关可立案侦查，同时行政机关仍可对违建本身作出行政处罚，二者不冲突。

3. 程序瑕疵或新事实可能引发“重新立案”

   • 原立案程序违法：若原行政处罚因程序违法（如未告知听证权利）被法院撤销，行政机关可重新立案调查并作出处罚。
     
   • 新事实出现：若违建在原处罚后扩大规模或新增违法行为（如原为3层违建，后加建至5层），行政机关可针对新增部分立案处罚。

实务建议：

• 若您是违建当事人，收到重复立案通知时，可要求行政机关说明立案依据，并核查是否违反“一事不再罚”原则；
  
• 若您是投诉人，发现行政机关未对违建立案，可向其上级部门申请行政复议或直接提起行政诉讼，督促履行职责。
  

如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我将结合事实与法律分析立案合法性。