企业设置两套账是否违法，关键在于建账的目的和账套内容的真实性，但通常情况下，企业出于非法目的设置两套账是违法的。以下是对此问题的详细分析：
一、违法性分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国公司法》第一百七十一条，公司除法定的会计账簿外，不得另立会计账簿。这是判断公司设置两套账是否违法的核心法律依据。
- 《中华人民共和国会计法》也明确规定，各单位必须根据实际发生的经济业务事项进行会计核算，填制会计凭证，登记会计账簿，编制财务会计报告，不得做假账。设置两套账若涉及虚假记载或隐瞒真实情况，将违反会计核算的真实性原则。
违法情形：
- 若公司出于避税、财务造假等非法目的设置两套账，如隐瞒收入、虚增成本等，以逃避税款或误导投资者和债权人，则属于违法行为。
- 这种行为不仅违反了公司法、会计法等法律法规，还可能构成偷税、妨害清算罪、虚假破产罪等犯罪行为，面临严重的法律后果。
二、合法性分析
合法情形：
- 企业出于合法、合理的管理需求，在同一会计主体内编制多套辅助账套，且这些账套的核算基础真实、未违反相关法律法规，则不构成违法。
- 例如，企业为了内部管理、决策支持等目的，可能编制不同的成本分析账套、项目核算账套等，只要这些账套的核算基础真实、合法，且建账目的合法，就不属于违法行为。
注意事项：
- 即使企业出于合法目的设置多套账套，也应确保这些账套的透明度和合规性，接受相关监管部门的监督。
- 企业应建立健全的内部控制制度，确保会计信息的真实性和完整性，避免因为管理不善或人为操作失误而导致违法风险。
三、法律后果与风险提示
法律后果：
- 若公司因设置两套账被查实，将面临税务机关的巨额罚款、滞纳金，甚至可能被追究刑事责任。
- 相关责任人，包括财务人员和管理人员，也可能需要承担法律责任，包括但不限于警告、罚款、取消从业资格，甚至入狱。
风险提示：
- 企业应严格遵守相关法律法规，确保会计信息的真实性和完整性。避免因为追求短期利益而设置两套账，导致长期的法律风险和经济损失。
- 对于因管理需要而设置的多套账套，企业应确保其合法性、合规性，并加强内部控制和风险管理，确保所有会计活动都符合法律法规的要求。
四、建议与措施
加强法制观念：
- 企业应加强对相关法律法规的学习和宣传，提高全体员工的法制观念和合规意识。
完善财务管理制度：
- 企业应建立健全的财务管理制度，确保账目的真实性、完整性和合法性。加强内部审计和监督，及时发现和纠正存在的问题。
提升财务人员素质：
- 企业应加强对财务人员的培训和教育，提高其专业素养和职业道德水平。确保财务人员能够准确理解和执行相关法律法规和会计准则。
积极配合外部监管：
- 企业应积极配合税务、审计等外部监管部门的检查和监督，及时提供真实、完整的会计资料和信息。对于发现的问题和隐患，应及时整改并主动向相关部门报告。
总结来说，企业设置两套账是否违法取决于建账的目的和账套内容的真实性。企业应严格遵守相关法律法规，确保会计信息的真实性和完整性，避免因为设置两套账而面临法律风险和经济损失。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。