关于《行政诉讼法》第46条的适用，这是一个涉及行政诉讼起诉期限的重要法条，下面我将结合法条原文、司法解释以及实践中的适用规则，为您进行详细解析。
一、法条原文及核心要点
《中华人民共和国行政诉讼法》第四十六条规定：
公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出。法律另有规定的除外。
因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过二十年，其他案件自行政行为作出之日起超过五年提起诉讼的，人民法院不予受理。
核心要点：
- 一般起诉期限：6个月，自知道或应当知道行政行为之日起计算。
- 最长保护期限：
- 不动产案件：20年，自行政行为作出之日起计算。
- 其他案件：5年，自行政行为作出之日起计算。
- 特别法优先：若其他法律对起诉期限有特别规定，则适用该特别规定。
二、起诉期限的起算点
“知道或应当知道”的认定：
- 若行政机关明确告知诉权及起诉期限，以告知日期为起算点。
- 若未告知，则以当事人实际知晓行政行为内容及诉权的日期为准。
特殊情形下的起算规则：
- 不作为案件：自行政机关履行法定职责期限届满之日起算。例如，申请行政许可，行政机关未在法定期限内答复，则自法定期限届满之日起算起诉期限。
- 复议后诉讼：
- 复议维持原行为的，自收到复议决定书之日起15日内起诉。
- 复议改变原行为的，可针对复议决定或原行为起诉（择一起诉），起诉期限同样从收到复议决定书或知道原行为之日起计算。
三、最长保护期限的适用
不动产案件的特殊性：
- 因涉及物权稳定性，最长保护期延长至20年。例如，土地权属争议需在此期限内主张权利，否则将丧失诉权。
其他案件的限制：
- 超过5年后，即使当事人此前不知晓行政行为，亦丧失诉权。此规定旨在维护行政秩序的稳定性，避免行政行为长期处于不确定状态。
四、扣除与延长的例外情形
不可抗力或其他正当理由：
- 因自然灾害、人身自由受限等无法行使诉权的，被耽误的时间不计算在起诉期限内。例如，因疫情被隔离导致无法及时起诉，隔离期间不计入起诉期限。
起诉期限的中止与中断：
- 现行法律未明确规定起诉期限的中止与中断，但实践中可能参照民事诉讼法的相关规定处理。例如，在起诉期限内，当事人向行政机关提出申请或向其他机关寻求救济，可能构成起诉期限的中断。
五、实践中的注意事项与建议
及时行使诉权：
- 建议当事人在知晓行政行为后尽快咨询律师，评估起诉的可行性和必要性，避免错过起诉期限。
保留证据材料：
- 保存行政机关送达的文书、沟通记录等，以便证明起诉期限的起算点。例如，保存行政处罚决定书、复议决定书等原件或复印件。
关注特别法规定：
- 部分领域（如税务、海关）可能有特殊的起诉期限要求，需具体核实相关法律法规的规定。
六、典型案例解析
案例1：超过一般起诉期限但未超过最长保护期限
- 事实：甲于2010年收到行政处罚决定书，但未被告知诉权。2018年发现权益受损后起诉。
- 结果：虽超过6个月的一般起诉期限，但因未超过5年的最长保护期限，法院应予受理。
案例2：不动产案件的最长保护期限
- 事实：乙的房屋于2000年被违法拆除，2025年提起行政诉讼。
- 结果：因超过20年的最长保护期限，法院裁定不予受理。
七、法律依据汇总
- 《中华人民共和国行政诉讼法》（2017年修正）第四十六条。
- 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》（法释〔2018〕1号）第六十四条至第六十七条，对起诉期限的起算、最长保护期限的适用等进行了进一步明确。
综上所述，《行政诉讼法》第46条的适用涉及起诉期限的起算、最长保护期限的确定以及例外情形的处理等多个方面。当事人在提起行政诉讼时，应仔细审查相关法律法规的规定，确保在法定期限内行使诉权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业律师。