同一法人代表的两家企业参与同一项目投标均被废标，需根据废标原因及法律规定分情况处理，具体如下：

1. 若废标原因系两家企业存在直接关联关系（如控股、参股、管理关系等），且招标文件明确禁止关联企业同时投标
   根据《招标投标法实施条例》第三十四条，与招标人存在利害关系可能影响招标公正性的法人、其他组织或个人，不得参加投标；单位负责人为同一人或存在控股、管理关系的不同单位，不得参加同一标段投标或未划分标段的同一招标项目投标。
   处理方式：

   • 招标方有权直接废标，且两家企业均需承担投标无效的法律后果；
     
   • 若因关联关系导致招标程序违法，行政监督部门可责令改正，处项目金额5‰-10‰的罚款，对单位直接负责的主管人员和其他责任人员依法给予处分；
     
   • 若关联企业通过串通投标获取中标，中标无效，处中标项目金额5‰-10‰的罚款，没收违法所得；情节严重的，取消其1-2年内参加依法必须招标项目的投标资格直至吊销营业执照。

2. 若废标原因系两家企业投标文件存在实质性错误（如未响应招标文件要求、未提供必要证明文件等），且与关联关系无关
   根据《招标投标法》第二十八条，投标人应当按照招标文件的要求编制投标文件，未响应实质性要求的投标文件应被否决。
   处理方式：

   • 招标方需依据招标文件明确的废标条款，对两家企业分别作出废标决定，并书面通知其废标理由；
     
   • 两家企业可针对废标决定提出异议或投诉，但需提供证据证明废标决定违法（如招标文件未明确废标条款、废标理由不成立等）；
     
   • 若废标决定合法，两家企业需承担投标无效的后果，但无需承担行政处罚。

3. 若废标原因系招标方程序违法（如未依法公开招标、未组建评标委员会等）
   根据《招标投标法》第四十三条，任何单位和个人不得非法干预、影响评标过程和结果。
   处理方式：

   • 两家企业可向行政监督部门投诉，要求撤销废标决定、重新招标或直接确定中标人；
     
   • 若投诉成立，招标方需承担行政责任（如警告、罚款），并赔偿两家企业因废标产生的合理损失（如投标文件制作费用、差旅费等）。

建议行动步骤：

1. 核查招标文件是否明确禁止关联企业投标或规定废标条款；
   
2. 确认废标决定是否书面通知并载明理由；
   
3. 根据废标原因选择异议、投诉或诉讼途径维权；
   
4. 保留投标文件、招标公告、废标通知等证据材料。
   

若需进一步分析具体案情或制定维权策略，可直接向我咨询。