结论前置：批捕后退侦两次后检察院不起诉，犯罪嫌疑人通常不会有案底。是否留下案底，主要取决于案件的最终处理结果。

详细分析：

1. 案底的定义与形成：

   • “案底”在我国法律中通常指的是某人过去犯法或犯罪行为的记录，这种记录是在一个人被法院最终判定有罪后形成的，并由公安部门保存。因此，案底的形成与法院的判决紧密相关。

2. 检察院二次退侦的法律性质：

   • 检察院二次退侦是审查起诉过程中的一个环节，它发生在检察院对公安机关移送的案件进行审查时，如果认为证据等方面存在疑问，就会将案件退回公安机关进行补充侦查。这一行为本身并不直接决定犯罪嫌疑人是否会留下案底。

3. 不起诉决定对案底的影响：

   • 如果经过二次退侦，检察院认为犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者证据仍然不足，不符合起诉条件，那么检察院会作出不起诉决定。在这种情况下，犯罪嫌疑人不会被认定有罪，因此不会留下案底。
   • 不起诉决定是基于检察院对案件的全面审查后作出的，它意味着检察院认为没有足够的证据来支持对犯罪嫌疑人的指控，或者犯罪嫌疑人的行为不构成犯罪。

4. 其他可能影响案底的因素：

   • 虽然在本案中检察院作出了不起诉决定，但如果犯罪嫌疑人在侦查或审查起诉过程中有其他违法行为（如妨害公务、伪证等），这些行为可能会受到行政处罚或刑事处罚，并留下相应的违法或犯罪记录。然而，这些记录与检察院的二次退侦行为本身无直接关联，而是基于犯罪嫌疑人的其他违法行为所产生的法律后果。

法律建议：

• 对于犯罪嫌疑人来说，面对检察院的二次退侦和不起诉决定，最重要的是保持冷静和配合。不起诉决定通常是一个积极的结果，意味着犯罪嫌疑人不会被追究刑事责任。
• 同时，犯罪嫌疑人也应该注意自己在整个诉讼过程中的行为表现，避免因为其他违法行为而留下案底。
• 如果对检察院的决定有疑问或不满，可以依法寻求法律救济，如申请复议或申诉等。

总结：批捕后退侦两次后检察院不起诉，犯罪嫌疑人通常不会有案底。这一结论是基于检察院对案件的全面审查后作出的不起诉决定，以及案底形成与法院判决的紧密关系。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。