不可以直接在专项附加扣除里填写50%的比例来分配两个孩子的扣除额度。具体分析如下：

1. 专项附加扣除的基本规定：

   • 根据个人所得税法及相关规定，专项附加扣除包括子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等支出。
   • 在子女教育方面，每个子女每月可按照一定标准（如1000元）定额扣除，具体标准可能因政策调整而变化。

2. 关于两个孩子的扣除方式：

   • 如果夫妻双方有两个孩子，且都符合子女教育的扣除条件，那么每个孩子都可以享受每月的定额扣除。
   • 扣除方式可以由父母双方选择确定，可以由一方全额扣除，也可以由双方分别扣除一定的额度，但双方扣除的额度总和不得超过每个孩子每月的定额标准。例如，如果每个孩子每月可扣除1000元，那么夫妻双方不能各自扣除500元来共用一个孩子的扣除额度（即不能对一个孩子按50%比例分配），但可以一个孩子由一方扣除1000元，另一个孩子由另一方扣除1000元，或者双方协商其他分配方式，只要保证每个孩子的扣除额度不被重复计算且总和不超过标准。

3. 实际操作中的注意事项：

   • 夫妻双方在申报专项附加扣除时，需要明确每个孩子的扣除方式，并在个人所得税申报系统中进行相应设置。
   • 如果选择由一方全额扣除某个孩子的费用，那么另一方在该孩子的扣除上就不能再申报。
   • 扣除方式一旦确定，在一个纳税年度内通常不能变更，因此夫妻双方应谨慎选择并协商一致。