父子关系协议书在符合法律规定的情况下是有效的，但并非所有父子关系协议书都能产生法律效力，这主要取决于协议书的内容和签订目的。以下从不同角度为你详细分析：

一、有效的情况

1. 基于身份关系的确认或变更（在法律允许范围内）

   • 如果父子关系协议书的内容是确认已经存在的父子关系，比如因历史原因（如收养未办理手续但实际共同生活多年）而签订的确认父子关系的协议书，且该协议书不违反法律强制性规定和公序良俗，那么这样的协议书是有效的。它主要起到一种证据作用，确认双方之间的身份关系。
   • 在特定情况下，如通过合法收养程序建立的父子关系，如果双方签订协议书对收养关系中的权利义务进行明确，且该协议书符合收养法的相关规定，那么这样的协议书也是有效的。

2. 基于财产关系的约定

   • 父子之间可以就财产问题签订协议书，如财产赠与、财产分割等。这类协议书只要双方意思表示真实，不违反法律强制性规定和公序良俗，且具备合同生效的要件（如双方具有相应的民事行为能力、意思表示真实、内容合法等），就是有效的。例如，父亲将房产赠与儿子，并签订赠与协议书，只要该协议书符合上述条件，就是有效的。

二、无效或部分无效的情况

1. 违反法律强制性规定

   • 如果父子关系协议书的内容违反了法律的强制性规定，如试图通过协议书改变法定的抚养、赡养义务，或者试图通过协议书进行非法交易等，那么这样的协议书是无效的。例如，父子之间签订协议书约定儿子不再承担赡养父亲的义务，这样的协议书就是无效的，因为赡养义务是法定的，不能通过协议书来免除。

2. 违背公序良俗

   • 如果父子关系协议书的内容违背了公序良俗，如涉及乱伦、赌博等违法或违背道德的内容，那么这样的协议书也是无效的。公序良俗是法律的基本原则之一，任何违反公序良俗的协议书都不会得到法律的保护。

3. 意思表示不真实

   • 如果父子关系协议书是在一方或双方意思表示不真实的情况下签订的，如存在欺诈、胁迫等情形，那么这样的协议书也是无效的或可撤销的。因为意思表示真实是合同生效的要件之一，如果意思表示不真实，那么合同就失去了生效的基础。

三、法律建议

1. 在签订父子关系协议书前，务必了解相关法律法规，确保协议书的内容不违反法律强制性规定和公序良俗。
2. 协议书的内容应当明确、具体，避免使用模糊或歧义的表述。同时，双方应当对协议书的内容进行充分沟通和协商，确保双方的意思表示真实一致。
3. 如果可能的话，可以请专业律师对协议书进行审查，以确保协议书的合法性和有效性。律师可以根据你的具体情况和需求，为你提供专业的法律建议和帮助。

如果你有具体的父子关系协议书需要审查或咨询相关法律问题，可以直接向我提问，我会为你提供详细的法律解答和帮助。