合同协议中约定的“父子关系”条款，在法律上一般无效，因为其违反了公序良俗原则和身份关系的法定性。以下从不同角度进行详细分析：

1. 身份关系的法定性：

   • 父子关系属于身份关系，其确立和变更通常受到法律的严格限制，不能通过合同协议来随意约定或改变。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，身份关系（如婚姻、收养、亲子关系等）的产生、变更和消灭，必须遵循法律规定的条件和程序，不能通过民事法律行为（如合同）来设定或变更。

2. 公序良俗原则：

   • 合同协议的内容应当符合公序良俗原则，即不得违反社会公共利益和道德准则。约定“父子关系”的条款，往往涉及对身份关系的虚构或伪造，这不仅违反了法律对身份关系的保护，也违背了社会公德和伦理道德，因此应当被认定为无效。

3. 合同无效的法律后果：

   • 如果合同协议中包含了约定“父子关系”的条款，且该条款被认定为无效，那么该条款自始没有法律约束力。这意味着，双方不能依据该条款来主张任何权利或义务。同时，如果因该无效条款给一方造成了损失，受损方有权要求过错方承担赔偿责任。

4. 特殊情况下的考虑：

   • 尽管一般情况下约定“父子关系”的条款无效，但在某些特殊情况下，如收养关系的确立，可能需要通过一定的法律程序来确认或变更身份关系。然而，这并不意味着可以通过简单的合同协议来约定或改变身份关系，而是需要遵循法律规定的条件和程序。

建议：

• 在签订合同协议时，应避免涉及身份关系的约定，以免因违反法律原则而无效。
• 如果确实需要涉及身份关系的事项（如收养、继承等），应当遵循法律规定的条件和程序，通过合法的途径来处理。
• 如果对合同协议中的条款存在疑问或不确定其法律效力，建议及时咨询专业律师，以确保合同的合法性和有效性。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。