结论：开网约车追尾且全责，无人员伤亡的情况下，司机赔偿5000元是否合理，这并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要综合考虑多个因素来确定。以下是从不同角度进行的分析：
一、赔偿金额的合理性判断依据
车辆损失情况：
- 赔偿金额首先应基于被追尾车辆的损失程度。这包括车辆的维修费用、更换零部件的费用等。如果5000元能够完全覆盖这些费用，并且没有额外的损失（如车辆贬值、停运损失等），那么这个赔偿金额可能是合理的。
- 计算公式（若涉及具体维修费用）：赔偿金额 = 维修费用 + 更换零部件费用（如有） + 其他直接损失（如拖车费、停车费等）。若计算结果与5000元相符或相近，则合理。
保险情况：
- 如果网约车司机购买了足够的车辆保险（如交强险、商业第三者责任险等），那么赔偿金额可能由保险公司来承担或部分承担。在这种情况下，赔偿金额的合理性也取决于保险公司的定损结果和赔偿标准。
- 若保险公司定损金额为5000元，且该金额符合保险条款的约定，则赔偿金额合理。
双方协商情况：
- 赔偿金额也可能通过双方协商来确定。如果被追尾车主同意接受5000元的赔偿，并且双方签署了赔偿协议，那么这个金额就是合理的。
- 协商过程中，应确保双方对赔偿项目和金额有清晰的了解，并避免存在欺诈、胁迫等不正当手段。
二、可能影响赔偿金额合理性的其他因素
地区差异：
- 不同地区的经济发展水平、消费水平等存在差异，这可能导致车辆维修费用、零部件价格等也有所不同。因此，在判断赔偿金额是否合理时，应考虑地区差异的因素。
车辆类型与价值：
- 被追尾车辆的类型和价值也会影响赔偿金额。例如，豪华车的维修费用和零部件价格通常高于普通车，因此赔偿金额也可能相应较高。
是否存在额外损失：
- 除了直接的车辆维修费用外，还可能存在其他额外损失，如车辆贬值、停运损失、误工费等。如果这些损失未被纳入赔偿范围，那么仅赔偿5000元可能显得不合理。
三、建议与行动指南
核实损失情况：
- 建议网约车司机和被追尾车主共同核实车辆损失情况，包括维修费用、更换零部件费用等，并保留好相关证据（如维修发票、零部件购买凭证等）。
咨询保险公司：
- 如果网约车司机购买了保险，应及时联系保险公司进行定损和理赔。保险公司会根据保险条款和实际情况来确定赔偿金额。
协商或诉讼解决：
- 如果双方对赔偿金额存在争议，可以尝试通过协商来解决。如果协商无果，可以考虑通过法律途径（如诉讼）来解决争议。
总结：开网约车追尾且全责、无人员伤亡的情况下，司机赔偿5000元是否合理，需根据车辆损失情况、保险情况、双方协商情况以及地区差异、车辆类型与价值、是否存在额外损失等因素来综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。