针对您提出的“私自罚员工款怎么处理”这一问题，首先需要明确的是，公司或个人私自对员工进行罚款通常是不合法的，除非这种罚款是基于合法有效的公司规章制度，并且这些规章制度已经过民主程序制定、内容合法且已向员工公示。不过，若您实际想问的是“员工存在违规行为，公司应如何处理”，我可以结合相关流程和法律原则，为您提供一个综合的处理方案：
一、核实情况与收集证据
- 全面调查：一旦发现员工有违规行为的嫌疑，公司应立即启动内部调查程序，确保调查的公正性和客观性。
- 证据收集：详尽收集与违规行为相关的所有证据，包括但不限于交易记录、监控录像、客户或同事的证言、书面文件等。确保证据的充分性、合法性和关联性，为后续处理提供坚实基础。
二、依据公司规章制度与法律程序进行处理
- 评估行为性质：根据所收集的证据，评估员工的行为是否构成违纪或违法。这需要参考公司的规章制度以及相关法律法规。
- 内部处理：
- 警告处分：对于初犯且情节较轻的员工，公司可以给予书面警告，并记录在个人档案中，作为后续处理的参考。
- 经济处罚的替代方案：由于私自罚款不合法，公司可以考虑其他经济处罚的替代方案，如扣除绩效奖金（需确保规章制度中有明确规定且已公示）、要求员工赔偿因违规行为给公司造成的直接经济损失等。
- 停职调查：对于复杂或严重的违规行为案件，公司可以先对员工进行停职处理，以便进行更深入的调查。
- 解除劳动合同：若员工行为严重违反公司规章制度或法律法规，公司可以依法解除劳动合同。但在此之前，必须确保规章制度的制定程序合法、内容合法且已向员工公示。
- 法律途径：
- 民事追偿：若员工违规行为给公司造成经济损失，公司可以通过民事诉讼要求员工返还不当得利并赔偿损失。
- 刑事报案：若员工行为涉嫌犯罪，如职务侵占罪、挪用资金罪等，公司应向公安机关报案，依法追究其刑事责任。
三、加强内部控制与预防机制
- 教育培训：在公司内部开展法律意识和职业道德培训活动，提升员工对规章制度和法律法规的认知度和遵守意识。
- 完善规章制度：建立健全的公司规章制度，明确违规行为的定义、处理流程和处罚措施，并确保这些规章制度已经过民主程序制定、内容合法且已向员工公示。
- 加强审计监督：定期进行内部审计和监督，及时发现并纠正潜在的违规行为，防止类似事件再次发生。
四、沟通与挽回公司声誉
- 内部沟通：与涉事员工进行沟通，解释处理决定的依据和理由，确保员工对处理结果有清晰的认识。
- 外部沟通：若违规行为涉及客户或合作伙伴，公司应及时与他们进行沟通，解释情况并表达歉意，积极采取措施挽回信任和合作。
五、总结反思与持续改进
- 根源分析：对整个事件进行深入分析和反思，找出问题的根源和教训，为未来的管理提供参考。
- 改进管理：根据分析结果，不断完善公司的管理制度和监管机制，确保公司的稳健发展和员工的诚信行为。
综上所述，处理员工违规行为需要综合运用公司内部规章制度、法律法规以及管理手段。通过严格的调查、公正的处理、有效的预防和积极的沟通，公司可以维护自身的合法权益，促进公司的健康发展。同时，公司也应避免私自对员工进行罚款等不合法行为，而是通过合法合规的方式进行处理。