合同中规定履行保证金本身并不直接违反《公平竞争审查条例实施办法》，但需结合具体条款内容、实施方式及行业特性综合判断是否构成排除、限制竞争的效果。以下从不同角度展开分析：

1. 履行保证金的合法性基础

根据《民法典》及《招标投标法》《政府采购法》等法律法规，合同中约定履行保证金（如履约保证金、质量保证金等）是常见的担保方式，旨在确保合同履行或弥补违约损失。只要保证金金额合理、退还条件明确，且不具有歧视性或排他性，通常属于合法商业安排。

2. 与《公平竞争审查条例实施办法》的关联性

《公平竞争审查条例实施办法》主要规范行政机关及具有管理公共事务职能的组织在制定政策措施时，不得设置排除、限制竞争的条款。其核心审查对象是政策文件（如规章、规范性文件），而非具体合同。但若合同中的保证金条款是执行某项政策的结果（如地方政府要求企业缴纳保证金才能参与投标），则需审查该政策是否通过公平竞争审查：

• 若政策未排除、限制竞争（如保证金比例合理、适用对象公平），则合同条款合法；
• 若政策通过保证金设置变相限制市场准入或歧视特定企业（如仅要求外地企业缴纳更高保证金），则可能违反公平竞争审查要求。

3. 需警惕的违法情形

即使合同条款本身不直接涉及政策，若履行保证金的约定存在以下情形，仍可能间接违反反垄断法或公平竞争原则：

• 滥用市场支配地位：如行业龙头企业在合同中强制要求交易相对方缴纳高额保证金，否则拒绝交易；
• 纵向垄断协议：如供应商与经销商约定，只有缴纳保证金才能获得独家代理权，限制经销商与其他供应商合作；
• 行政性垄断：如行业协会通过章程要求会员企业统一缴纳保证金，排除非会员企业竞争。

4. 实务建议

• 企业角度：在合同中约定履行保证金时，应确保金额与合同风险匹配（如不超过合同总额的10%），明确退还条件（如验收合格后X日内退还），避免设置歧视性条款（如按企业规模或地域区别对待）。
• 行政机关角度：若制定涉及保证金的政策文件，需在出台前进行公平竞争审查，评估是否对市场主体造成不合理负担或排除竞争。

总结：合同中的履行保证金条款本身不必然违法，但需结合条款内容、实施背景及行业特性综合判断。若您遇到具体合同纠纷或政策合规问题，可直接向我咨询，我会结合细节进一步分析。