结论：关于您开了两年工程工资第三年才做鉴定，是否还能拿回第三年的工伤工资，这主要取决于工伤认定的时间、工伤待遇的申请时限以及是否存在中断或延长的法定情形。以下是从不同角度的详细分析：
一、工伤认定的时间要求
一般规定：
- 根据《工伤保险条例》第十七条，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 如果用人单位未在规定时间内提出工伤认定申请，工伤职工或者其近亲属、工会组织可以在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
您的情形：
- 您提到“开了两年工程工资第三年才做的鉴定”，如果这里的“鉴定”指的是工伤认定，且从工伤事故发生到认定已经超过了1年，那么在没有特殊情形（如不可抗力、用人单位原因等导致无法申请）的情况下，您可能已经失去了通过正常程序申请工伤认定的权利。
二、工伤待遇的申请时限
一般规定：
- 工伤认定后，职工可以享受相应的工伤保险待遇，包括工伤医疗待遇、停工留薪期待遇等。
- 停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。
您的情形：
- 如果您已经错过了工伤认定的时限，那么理论上您可能无法直接享受工伤保险待遇。
- 但是，如果您能证明存在特殊情形（如用人单位故意拖延、不可抗力等），导致您无法在规定时间内申请工伤认定，您可以尝试通过法律途径维护自己的权益，比如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向法院提起诉讼。
三、可能存在的法律救济途径
与用人单位协商：
- 您可以尝试与用人单位协商，看是否能够就工伤待遇问题达成一致意见。
申请劳动争议仲裁：
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付工伤待遇。
- 在仲裁过程中，您需要提供充分的证据证明您与用人单位之间存在劳动关系、您发生了工伤事故以及工伤事故与工作之间的关联性等。
提起诉讼：
- 如果对仲裁结果不满意，您还可以向法院提起诉讼，通过司法程序维护自己的权益。
四、建议与注意事项
及时咨询专业律师：
- 鉴于工伤认定和赔偿问题的复杂性，我建议您及时咨询专业律师，以便更准确地了解自己的权益和可能的法律救济途径。
收集并保存证据：
- 在处理工伤问题时，证据的收集和保存至关重要。您应该尽可能收集与工伤事故相关的所有证据，如医疗记录、工作记录、证人证言等。
关注时效问题：
- 无论是申请工伤认定还是提起劳动争议仲裁或诉讼，都需要注意时效问题。错过时效可能会导致您失去维护自己权益的机会。
最后，我希望您能够尽快解决这个问题，并顺利拿到应得的工伤工资。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。