起诉涤除企业高管的主要案由通常为“请求变更公司登记纠纷”。以下是对此问题的详细分析：
一、案由确定
在起诉涤除企业高管时，原告通常会以“请求变更公司登记纠纷”为案由提起诉讼。这是因为，涤除企业高管往往涉及到公司登记事项的变更，如董事、监事、高级管理人员的变更登记等。根据《中华人民共和国公司法》及相关规定，公司应当依法办理变更登记，若公司未履行该义务，相关利害关系人（如被涤除的高管本人或公司其他股东、债权人等）有权提起诉讼，要求公司办理变更登记。
二、法律依据
《中华人民共和国公司法》：
- 该法规定了公司董事、监事、高级管理人员的任职资格、任免程序以及公司登记的相关事项。若高管因特定原因（如辞职、被解聘、不符合任职资格等）需要被涤除，且公司未依法办理变更登记，则构成违法。
《中华人民共和国公司登记管理条例》：
- 该条例详细规定了公司登记事项、登记程序以及变更登记的要求。若公司未按照条例规定办理高管变更登记，相关利害关系人有权要求公司改正，并可提起诉讼。
三、诉讼要点
证明高管涤除的合法性：
- 原告需提供证据证明高管涤除的合法性，如高管辞职书、解聘决定、不符合任职资格的证明等。
证明公司未履行变更登记义务：
- 原告需提供证据证明公司未依法办理高管变更登记，如公司登记簿、工商档案等。
明确诉讼请求：
- 原告应明确诉讼请求，即要求公司办理高管变更登记，涤除原高管职务，并可能要求公司承担因未履行变更登记义务而给原告造成的损失。
四、可能遇到的法律问题及建议
公司拒绝办理变更登记：
- 若公司拒绝办理变更登记，原告可向法院提起诉讼，要求公司履行变更登记义务。在诉讼过程中，原告应积极提供证据，证明高管涤除的合法性和公司未履行变更登记义务的事实。
高管对涤除决定有异议：
- 若高管对涤除决定有异议，可能提出反诉或另行提起诉讼。此时，原告需准备充分的证据来应对高管的异议，并可能需就高管异议的合法性进行辩论。
公司登记机关不作为：
- 在极少数情况下，公司登记机关可能因各种原因不作为，导致高管变更登记无法及时办理。此时，原告可考虑向公司登记机关的上级机关或相关部门投诉，或同时提起行政诉讼，要求公司登记机关履行法定职责。
五、实际操作建议
收集证据：
- 在提起诉讼前，原告应充分收集证据，包括高管涤除的决定、公司未履行变更登记义务的证明、因未履行变更登记义务而给原告造成的损失等。
咨询专业律师：
- 由于公司法务问题涉及复杂的法律关系和法律规定，原告在提起诉讼前应咨询专业律师，以确保诉讼的合法性和有效性。在此过程中，你可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。
关注诉讼时效：
- 原告应注意诉讼时效的问题，确保在法定期限内提起诉讼，以免丧失胜诉权。
综上所述，起诉涤除企业高管的主要案由为“请求变更公司登记纠纷”。在提起诉讼时，原告应充分收集证据、咨询专业律师，并关注诉讼时效等问题，以确保诉讼的顺利进行。