结论：公司是否因员工未在食堂吃饭而在寝室吃就扣钱，需视具体情况而定，不能直接判定为违法或合法。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度的角度：

   • 如果公司有明确的规章制度，且该规章制度经过合法程序制定（如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定），并已向员工公示或告知，其中规定了员工必须在食堂就餐，否则将扣除一定费用，且该扣除费用不属于克扣工资的范畴（如属于对违反就餐规定的罚款，但需注意罚款的合法性及合理性），那么公司在此情况下扣钱可能是有依据的。
   • 然而，即便公司有这样的规章制度，也需要确保该制度不违反法律法规的强制性规定，且罚款的数额应当合理，不能过分高于员工违规行为所造成的损失或影响。如果罚款数额过高，可能被视为变相克扣工资，从而构成违法。

2. 法律法规的角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者因提供劳动而获得的报酬，用人单位不得无故克扣或拖欠。如果公司扣钱的行为实质上是对员工工资的克扣，且没有合法依据，那么这种行为就是违法的。
   • 特别提醒：即使员工未在食堂吃饭，这并不直接构成公司扣钱的合法理由。除非公司能证明员工的这一行为给公司造成了实际损失，且该损失与扣钱数额相当，否则公司无权仅凭此理由扣钱。

3. 实际操作与建议：

   • 对于员工而言，如果公司因此扣钱，首先应查看公司的规章制度，了解是否有相关规定以及该规定的合法性。如果认为公司的扣钱行为违法或不合理，可以与公司进行协商，要求公司说明扣钱的理由和依据，并要求公司退还被扣的钱款。
   • 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
   • 对于公司而言，建议制定规章制度时确保合法合规，并明确各项规定的具体内容和执行标准。在执行规章制度时，也应确保公平、公正、公开，避免因为执行不当而引发劳动纠纷。

总结：公司是否因员工未在食堂吃饭而在寝室吃就扣钱，不能一概而论。需要综合考虑公司的规章制度、法律法规以及实际操作情况。如果员工认为公司的扣钱行为违法或不合理，可以通过协商、投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。