核心结论：施工单位已结清劳务款，但若干年后审计发现问题，能否追责以及如何追责，需根据具体问题类型、责任主体、时效规定等多方面因素综合判断。以下分情况详细说明：

1. 若审计发现的问题属于“虚假结算”或“恶意串通”

• 追责可能性：若施工单位与劳务方通过伪造结算文件、虚报工程量等方式恶意串通，骗取工程款，即使已结清，仍可能被追责。此类行为涉嫌欺诈或共同侵权，不受普通诉讼时效限制（但需注意刑法上的追诉时效）。
• 追责方式：
  • 民事追责：建设单位（或业主）可依据《民法典》第154条（恶意串通损害他人权益）或第122条（不当得利），要求施工单位和劳务方返还多付的款项。
  • 刑事追责：若涉及金额较大，可能构成合同诈骗罪或职务侵占罪（如施工单位人员利用职务便利侵占公司财产），可向公安机关报案。
• 时效问题：民事诉讼时效为3年（自知道或应当知道权利受损之日起算），但恶意串通行为可能适用最长20年时效；刑事追诉时效根据罪名和金额不同，最长可达20年。

2. 若审计发现的问题属于“结算错误”或“疏忽遗漏”

• 追责可能性：若因施工单位或劳务方的过失（如计算错误、遗漏项目）导致多付或少付款项，且无恶意串通，仍可能被追责，但需受时效限制。
• 追责方式：
  • 多付款项：建设单位可依据《民法典》第985条（不当得利）要求返还，但需在知道或应当知道多付之日起3年内主张。
  • 少付款项：劳务方可依据原合同或结算协议，要求施工单位补付，但需在合同约定的付款期限或结算完成后3年内主张（若无约定，则自应付款之日起算）。
• 时效例外：若结算协议中约定了更长的质保期或付款期限，时效可能顺延至期限届满后3年。

3. 若审计发现的问题涉及“工程质量或安全责任”

• 追责可能性：即使劳务款已结清，若审计发现工程质量问题或安全事故与劳务施工有关，施工单位仍需承担责任（如返工、赔偿损失等），且可能追溯至劳务方。
• 追责方式：
  • 合同责任：依据施工合同中的质量保证条款，要求施工单位或劳务方承担维修、赔偿等责任。
  • 法律责任：若因质量问题导致人身或财产损害，可能涉及《民法典》侵权责任编或《建设工程质量管理条例》的行政处罚。
• 时效问题：工程质量责任通常适用最长5年质保期（自竣工验收合格之日起算），侵权责任诉讼时效为3年（自知道或应当知道损害之日起算）。

4. 实务建议

• 立即固定证据：包括审计报告、结算文件、合同、往来函件等，以证明问题性质及金额。
• 协商优先：尝试与对方协商解决，避免诉讼成本和时间消耗。
• 时效风险评估：若接近时效期限，可先发送律师函中断时效，再决定是否起诉。
• 多部门联动：若涉及刑事犯罪，及时向公安机关报案；若涉及行政处罚，向建设主管部门举报。

总结：追责的关键在于问题性质（恶意还是过失）、证据充分性以及时效是否届满。建议根据具体情况委托律师分析，制定针对性策略。如有进一步问题，可直接向我咨询。