公司设立宗教活动室是否违法，需根据具体情况进行判断，但一般情况下，未经批准在公司内设立宗教活动室是违法的。以下是对此问题的详细分析：

一、宗教活动场所的设立规定

根据《宗教事务条例》的相关规定，设立宗教活动场所应当具备一系列条件，并经过县级人民政府宗教事务部门的审查同意后，报设区的市级人民政府宗教事务部门审批。未经批准，任何组织或者个人不得设立宗教活动场所。这一规定旨在保护正常的宗教活动，同时防止非法宗教活动的滋生和蔓延。

二、公司设立宗教活动室的合法性分析

1. 未经批准设立：

   • 如果公司未经宗教事务部门批准，擅自设立宗教活动室，那么这种行为是违法的。因为公司并非宗教团体，不具备设立宗教活动场所的主体资格，且未经批准设立宗教活动室可能扰乱社会秩序，损害社会公共利益。

2. 经批准设立：

   • 在极少数特殊情况下，如果公司确实需要设立宗教活动室，并且已经按照相关规定向宗教事务部门提出了申请，并获得了批准，那么这种设立行为是合法的。但这种情况极为罕见，且需要满足严格的条件和程序。

三、违法设立宗教活动室的法律后果

1. 行政处罚：

   • 根据《宗教事务条例》的相关规定，擅自设立宗教活动场所的，由宗教事务部门予以取缔，有违法所得的，没收违法所得；有违反治安管理行为的，依法给予治安管理处罚。

2. 刑事责任：

   • 如果违法设立宗教活动室的行为情节严重，构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。例如，如果利用宗教活动室进行非法活动，如传播邪教、进行诈骗等，就可能触犯刑法，面临刑事处罚。

四、建议与措施

1. 遵守法律法规：

   • 公司应严格遵守国家关于宗教事务的法律法规，不得擅自设立宗教活动室。如果公司员工有宗教信仰需求，可以引导他们到合法的宗教活动场所进行活动。

2. 加强内部管理：

   • 公司应加强内部管理，防止非法宗教活动的滋生和蔓延。例如，可以制定相关规章制度，明确禁止在公司内进行宗教活动或传播宗教思想。

3. 寻求合法途径：

   • 如果公司确实需要为员工提供宗教信仰方面的支持或服务，可以寻求合法途径进行解决。例如，可以与当地的宗教团体或宗教事务部门进行沟通协商，了解相关政策和规定，并在合法合规的前提下为员工提供必要的支持和服务。

总结来说，公司设立宗教活动室是否违法需根据具体情况判断，但一般情况下未经批准设立是违法的。公司应严格遵守国家关于宗教事务的法律法规，加强内部管理，防止非法宗教活动的滋生和蔓延。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。