在审理承包经营权合同纠纷案时，法院如果仅依据《村民委员会组织法》而未适用《农村土地承包法》，这一做法是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从几个角度进行分析：

1. 法律适用原则：

   • 在处理具体法律纠纷时，法院应当遵循“特别法优于普通法”的原则。《农村土地承包法》是专门规范农村土地承包关系的法律，对于承包经营权合同纠纷具有直接的适用性。而《村民委员会组织法》则主要规范村民委员会的组织和运作，与土地承包合同纠纷的直接关联性较弱。
   • 如果纠纷的核心问题是土地承包合同的效力、履行、变更或解除等，那么《农村土地承包法》应当是主要的法律依据。

2. 案件具体情况：

   • 如果案件涉及的是村民委员会在土地承包过程中的组织程序问题，比如村民委员会是否按照法定程序组织土地承包、是否保障了村民的知情权等，那么《村民委员会组织法》可能具有一定的适用性。
   • 但即便如此，如果案件同时涉及土地承包合同的具体条款、履行情况等，法院仍应同时适用《农村土地承包法》进行审理。

3. 法律漏洞与补充适用：

   • 在某些特殊情况下，如果《农村土地承包法》对某一具体问题没有规定，而《村民委员会组织法》中有相关条款可以参照，法院可能会考虑补充适用《村民委员会组织法》。但这种情况应当非常谨慎，且需确保不违背《农村土地承包法》的立法精神和原则。

4. 合法性判断：

   • 如果法院仅依据《村民委员会组织法》而完全忽视了《农村土地承包法》的适用，且这种忽视导致了法律适用的错误或不当，那么这一做法是不合法的。因为法院在审理案件时，必须全面、准确地适用相关法律，确保判决的公正性和合法性。
   • 如果法院在适用《农村土地承包法》的同时，也参考了《村民委员会组织法》中与案件相关的条款，且这种参考有助于更全面地理解案件事实和法律关系，那么这一做法是合法的。因为法律适用并非机械地套用法律条文，而是需要结合案件具体情况进行灵活运用。

建议：

• 如果您是案件的当事人或相关方，且对法院的法律适用有疑问或不满，建议您及时咨询专业律师，对案件进行详细分析，并考虑是否提出上诉或申请再审等法律救济途径。
• 在未来的土地承包合同签订和履行过程中，建议您注意保留相关证据，明确合同条款，以避免或减少纠纷的发生。

如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。