农村建房纠纷协议书并非永久有效，其效力取决于协议内容、履行情况及法律规定。具体分析如下：

1. 协议本身的效力期限
   农村建房纠纷协议书属于民事合同，其效力期限由双方约定或法律规定。若协议中明确约定了有效期限（如“自签署之日起5年内有效”），则按约定执行；若未约定，则协议自双方履行完毕所有义务时终止。例如，若协议约定“甲方支付补偿款后，乙方不得再就建房纠纷主张权利”，则补偿款支付完毕后协议效力即终结。

2. 协议的履行与终止
   若协议内容已全部履行（如一方支付赔偿、另一方停止阻挠施工等），且无后续争议，协议自然失效。但若一方未履行义务（如未按时支付款项），另一方可依据协议要求继续履行或通过法律途径解决，此时协议仍具有约束力，直至问题彻底解决。

3. 法律规定的限制
   根据《民法典》相关规定，民事权利的行使需遵守诉讼时效。若协议涉及赔偿请求，权利人需在知道或应当知道权利受损之日起3年内主张，逾期可能丧失胜诉权。但协议本身的效力不受诉讼时效影响，仅影响权利主张的可行性。

4. 特殊情形下的效力延续
   若协议涉及长期义务（如“甲方需定期维护房屋结构”），则义务履行期间协议持续有效。此外，若协议内容违反法律强制性规定（如占用耕地建房），则协议可能被认定无效，自始不产生法律效力。

建议：

• 签署协议时明确约定效力期限及履行标准，避免歧义；
  
• 保留协议履行证据（如付款凭证、施工记录等），以备后续争议；
  
• 若协议涉及复杂法律问题（如土地权属、规划合规性），可进一步向我咨询具体条款设计。