关于农村建房纠纷协议的时效性问题，这实际上涉及到了两个层面的内容：一是协议本身的法律效力问题，二是因协议产生的纠纷的诉讼时效问题。下面我将分别进行详细解答。
一、协议本身的法律效力问题
农村建房纠纷协议，其法律效力主要取决于以下几个要素：
主体适格：协议双方必须具有相应的民事行为能力，能够独立承担民事责任。例如，签订协议的双方应是具有完全民事行为能力的成年人，未成年人或精神病人等无民事行为能力或限制民事行为能力人签订的协议可能无效。
意思表示真实：协议必须是双方自愿、平等、真实意愿的体现，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。双方应在充分沟通和讨论后达成一致，并明确知晓协议的内容及其法律后果。
内容合法合规：协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，如不得擅自改变土地用途为非农业建设，不得损害国家、集体或第三人的合法权益。
符合法定形式：协议应采用书面形式，并由双方当事人签字或盖章确认。对于涉及重要权益变更的事项，书面形式是必要的，以避免后续争议。
只要上述要素均满足，农村建房纠纷协议就具有法律效力，对双方均具有约束力。这种法律效力本身并不受时间限制，即协议一旦签订并生效，就长期有效，除非双方协商一致解除或依法被撤销。
二、因协议产生的纠纷的诉讼时效问题
虽然协议本身具有长期法律效力，但因协议产生的纠纷在提起诉讼时，会受到诉讼时效的限制。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定：
一般诉讼时效：通常适用于因协议履行、违约等原因导致的纠纷。权利人向人民法院请求保护其民事权利的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
最长权利保护期间：针对权利人长时间未发现权利受侵害的情况，如房屋被错误登记且权利人长期不知情。《民法典》规定了二十年的最长保护期限，从权利被侵害之日起计算。超过此期限，法院一般不予保护，除非有特殊情况并经法院批准延长。
不适用诉讼时效的情形：涉及不动产物权确认的纠纷，如农村房屋产权确认纠纷，不受诉讼时效限制。因为物权确认关系到物权的本质和基础，是对物权归属的法律认定。
三、综合建议
签订协议时：应确保协议内容合法合规，双方意思表示真实，并采用书面形式签订，以避免后续纠纷。
发生纠纷时：应及时咨询专业律师或法律机构，了解自己的权利状况和诉讼时效问题。一旦发现权益受损，应在法定的诉讼时效期间内提起诉讼，以维护自己的合法权益。
对于不动产物权确认纠纷：应了解这类纠纷不受诉讼时效限制的特点，以便在必要时采取适当的法律行动。
综上所述，农村建房纠纷协议本身具有长期法律效力，但因协议产生的纠纷在提起诉讼时会受到诉讼时效的限制。因此，在处理相关纠纷时，应综合考虑协议的法律效力和诉讼时效的各项规定，确保在法律框架内有效维护自身权益。