核心结论：农村第三轮承包地上已建厂，需根据建厂合法性分情况处理，具体如下：

1. 若建厂行为合法（已办理审批手续）
   根据《农村土地承包法》及《土地管理法》，承包地用途变更需经法定程序：

   • 程序要求：需经发包方（村集体）同意，并报乡镇政府批准，办理农用地转用审批手续（如涉及耕地还需省级政府或国务院批准）。
     
   • 后续处理：若已完善手续，工厂可继续合法使用土地，但需注意承包合同期限。若合同到期，村集体有权收回土地或重新发包，此时工厂需与村集体协商续期或补偿方案。
     
   • 风险提示：若工厂未依法办理土地用途变更手续，即使建厂时村集体同意，仍可能因程序违法被认定为非法占地，面临拆除风险。

2. 若建厂行为违法（未办理审批手续）

   • 行政责任：根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用土地建厂的，由县级以上自然资源主管部门责令退还土地、限期拆除建筑物，并可处罚款（按非法占用土地面积每平方米100元至1000元标准）。
     
   • 民事责任：若工厂占用土地导致承包方（农户）损失（如无法耕种），需承担赔偿责任，赔偿范围包括直接损失（如土地收益）及间接损失（如复垦费用）。
     
   • 解决路径：
     
     • 协商补办手续：若工厂符合规划且村集体同意，可补办农用地转用审批手续，将土地性质变更为建设用地（需缴纳土地出让金等费用）。
       
     • 拆除复垦：若无法补办手续或村集体要求收回土地，工厂需自行拆除建筑物并复垦土地，否则可能被强制执行。
       
     • 利益协调：若工厂已投入大量资金，可与村集体协商通过土地流转、入股等方式合作，但需确保程序合法（如经村民会议三分之二以上成员同意）。

3. 特殊情形：历史遗留问题
   若建厂行为发生在较早时期（如20世纪90年代），且当时法律对农用地转用规定不明确，可能适用“法不溯及既往”原则。但需满足以下条件：

   • 工厂持续使用土地至今；
     
   • 当地政府未明确要求拆除；
     
   • 村集体未提出异议。
     此类情形下，工厂可能被允许补办手续或通过协商解决，但需以当地政策为准。

行动建议：

• 核实建厂合法性：首先确认工厂是否已办理农用地转用审批、建设用地规划许可等手续（可向当地自然资源局查询）。
  
• 评估风险：若手续不全，需尽快与村集体、乡镇政府沟通，避免被认定为违法占地。
  
• 协商解决：若工厂合法但承包合同到期，可与村集体协商续期或补偿；若违法，需主动配合整改或拆除，减少损失。
  

如有进一步细节（如建厂时间、土地性质、是否涉及耕地等），可向我补充说明，我会结合具体情形提供更精准的建议。