结论：土地上已建厂房的情况下能否进行第二轮土地承包，需结合土地性质、承包合同约定及法律规定综合判断，具体分以下两种情形：
1. 若土地性质为农用地且未依法变更用途
根据《土地管理法》第四条及第三十七条，农用地（如耕地、林地）需严格按用途使用，禁止擅自建厂房。若厂房系未经批准的违法建筑：
- 承包权可能受影响：根据《农村土地承包法》第十八条，承包方有义务维持土地农业用途。若发包方发现土地被非法改变用途，可依据该法第六十四条解除承包合同，收回土地。
- 第二轮承包资格存疑：若原承包合同因违法用地被解除，则无法直接参与第二轮承包；若合同未被解除，但土地实际已无法用于农业，发包方可能调整承包方案，导致承包权变更。
建议：立即补办农用地转用审批手续（如符合规划），或拆除违法建筑恢复土地原状，以保留承包资格。
2. 若土地性质已依法变更为建设用地，或厂房建设合法
- 集体经营性建设用地：根据《土地管理法》第六十三条，符合规划的集体经营性建设用地可入市流转。若厂房建在此类土地上，且承包合同未禁止建设行为，则不影响第二轮承包，但需注意承包合同是否约定土地用途限制。
- 国有建设用地：若土地已通过出让、划拨等方式转为国有建设用地，则原农用地承包关系自然终止，需通过招拍挂等程序重新取得土地使用权，与第二轮农用地承包无关。
关键点：需核查土地权属证书（如集体土地所有权证、国有土地使用证）及规划许可文件，确认土地性质及建设合法性。
补充说明
- 合同约定优先：若原承包合同明确禁止建房或约定违约责任，需按合同处理；若无约定，则需结合法律规定判断。
- 政策差异：部分地区对历史遗留的违法建筑可能采取“补办手续+罚款”的整改措施，需关注地方性法规。
行动建议：
- 核查土地权属证书及规划文件，确认土地性质及建设合法性；
- 联系发包方（村委会或集体经济组织）协商处理方案；
- 如涉及违法用地，尽快整改以避免承包权丧失。
如有进一步疑问，可直接向我咨询具体细节。