结论：建筑工程施工总承包合同一般不建议由施工单位的分公司直接签订，但在符合特定条件并履行相应程序的情况下，分公司可以签订此类合同。

分析说明：

1. 分公司法律地位：

   • 分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。这意味着，分公司签订的合同，其法律后果最终由总公司承担。

2. 合同签订主体资格：

   • 根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，分公司可以在总公司的授权范围内从事经营活动，包括签订合同。但关键在于，分公司必须获得总公司的明确授权，且该授权应在总公司的经营范围之内。

3. 建筑工程施工总承包合同的特殊性：

   • 建筑工程施工总承包合同涉及重大工程项目，对合同签订主体的资质、信誉、经验等有较高要求。因此，即使分公司获得总公司授权，也需确保其具备相应的施工能力和资质，以符合工程项目的实际需求。

4. 实际操作建议：

   • 授权明确：总公司应向分公司出具明确的授权书，载明授权范围、期限等关键信息，以确保分公司签订合同的合法性。
   • 资质审查：在签订合同前，应对分公司的施工资质、信誉、经验等进行全面审查，确保其具备履行合同的能力。
   • 合同条款：在合同中应明确约定分公司的权利义务、违约责任等关键条款，以降低合同风险。
   • 备案与公示：根据相关规定，某些类型的合同可能需要向相关部门备案或公示。在签订建筑工程施工总承包合同时，应了解并遵守这些规定。

5. 法律后果：

   • 如果分公司未经总公司授权或超出授权范围签订合同，可能导致合同无效或产生其他法律纠纷。此时，总公司可能需要承担相应的法律责任。
   • 即使分公司获得总公司授权并签订了合同，但如果其不具备相应的施工能力和资质，也可能导致合同无法履行或产生质量问题，进而引发法律纠纷。

特殊情况下的处理：

• 在某些特殊情况下，如总公司因故无法直接签订合同，而分公司又具备相应的施工能力和资质时，可以考虑由分公司签订合同。但在此情况下，应确保总公司的授权明确且合法有效，并在合同中明确约定总公司的连带责任等条款，以降低法律风险。

行动建议：

• 在决定是否由分公司签订建筑工程施工总承包合同时，应综合考虑分公司的法律地位、授权情况、施工能力和资质等因素。
• 如有任何疑问或不确定之处，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律建议。